水稻AGO基因家族的生物信息學(xué)分析.pdf

1、Argonautes(AGOs)是生物有機(jī)體中普遍存在的一類比較保守的蛋白，并且在不同物種的RNAi及相關(guān)的途徑中具有十分重要的功能，也調(diào)控模式植物擬南芥的生長發(fā)育過程。水稻作為單子葉模式植物和重要的糧食作物，其基因組中AGO家族的基因數(shù)量和表達(dá)模式與擬南芥有所不同。目前為止對(duì)水稻中AGO的研究相對(duì)較少。在本研究中，我們以分析OsAGOs表達(dá)模式和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)為重點(diǎn)，對(duì)水稻AGO家族進(jìn)行系統(tǒng)的生物信息學(xué)分析。主要研究結(jié)果如下:
　　

2、 1、水稻中共有19個(gè)AGO基因，大部分OsAGO基因和蛋白質(zhì)具有相似理化性質(zhì)。19個(gè)AGO基因集中分布在第1、2、3、4、6、7染色體上。
　　 2、OsAGO基因家族有3對(duì)串聯(lián)復(fù)制基因和4對(duì)大片段復(fù)制基因。復(fù)制基因的表達(dá)模式有三種情況，即相似的表達(dá)情況、互補(bǔ)的表達(dá)情況和一個(gè)基因在所有組織中均表達(dá)而另一個(gè)基因在幾乎所有組織中均不表達(dá)或者表達(dá)量很低。
　　 3、大多數(shù)OsAGO基因在生殖生長階段呈現(xiàn)特異表達(dá)或者優(yōu)先表達(dá)

3、，尤其在稻穗中的表達(dá)水平明顯上調(diào)。6個(gè)OsAGO基因在經(jīng)過GA3，KT，NAA的處理后表現(xiàn)出表達(dá)水平上調(diào)或者下調(diào)。3個(gè)OsAGO基因?qū)庹栈蛘甙堤幚碛许憫?yīng)。
　　 4、10個(gè)OsAGO基因與DCL(Dicer-like)、RDR（RNA-dependentRNApolymerase）、DRB(Double-strandedRNABinding)等基因共表達(dá)，它們可能參與包括RNAi在內(nèi)的一些RNA調(diào)控的相關(guān)途徑。OsAGOs基因

4、與17類編碼轉(zhuǎn)錄因子的基因共表達(dá)，表明它們可能與這些轉(zhuǎn)錄因子共同參與成花轉(zhuǎn)變、對(duì)激素的響應(yīng)等各種不同功能。另外，OsAGO基因還與花粉發(fā)育相關(guān)基因、花藥發(fā)育相關(guān)基因等存在共表達(dá)的關(guān)系，且OsAGO基因家族成員之間也存在共表達(dá)的關(guān)系。
　　 5、OsAGO14基因的T-DNA插入突變體的稻穗明顯縮短且種子數(shù)量減少、種子中出現(xiàn)雙胚或者多穎殼的現(xiàn)象。
　　 以上的分析結(jié)果均為解析水稻OsAGOs的功能及進(jìn)一步闡述RNA干涉的分