胃癌相關(guān)基因EST序列的生物信息學(xué)分析.pdf

1、目的:應(yīng)用生物信息學(xué)平臺對胃癌相關(guān)基因表達片段進行篩選、克隆及序列的生物特征分析和蛋白預(yù)測.以期尋找和發(fā)現(xiàn)新的胃癌發(fā)生過程中的相關(guān)基因,為探討胃癌發(fā)生的分子機制及其基因水平的診斷和治療提供標志和依據(jù).方法:選用人胃癌、癌前病變及正常胃黏膜組織經(jīng)差異顯示逆轉(zhuǎn)錄PCR所獲得的9條差異表達片段,通過BLAST工具中的BLASTn搜索NCBI上EST和nr數(shù)據(jù)庫,對所獲得的差異表達序列進行篩選,結(jié)合Northern雜交印證等分子生物學(xué)技術(shù)分析序

2、列的真實性;利用人類基因組染色體、Unigene、SAGE等數(shù)據(jù)庫分析與已知基因同源EST序列的特征;5'RACE方法擴增與數(shù)據(jù)庫已收錄基因無同源性的EST全長cDNA,分析開放讀框,利用NCBI、EMBL提供的公共數(shù)據(jù)庫資源分析其編碼氨基酸的生物學(xué)特征以及預(yù)測其編碼蛋白的功能.小結(jié):利用生物信息學(xué)方法對胃癌差異顯示序列進行篩選,獲得三條與己知基因同源EST序列,分別與人類抗原CD9外顯子8、α Ⅱ血影蛋白、人核糖體蛋白RPS24同源.