宮頸癌相關(guān)基因的篩選及生物信息學(xué)分析.pdf

1、南方醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文宮頸癌相關(guān)基因的篩選及生物信息學(xué)分析姓名：陳數(shù)珍申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師：馬文麗鄭文嶺20080501摘要定、基因表達分析、基因組研究、基因診斷、藥物研究與開發(fā)，以及工農(nóng)業(yè)、食品與環(huán)境監(jiān)測等領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用；這樣勢必產(chǎn)生了大量高通量數(shù)據(jù)資料。后續(xù)數(shù)據(jù)挖掘與分析是一項艱巨的任務(wù)，因此許多研究者建議由政府機構(gòu)來組織、存放、免費管理這些高通量數(shù)據(jù)以便更好的分析。所以NCBI(National

2、CenterforBiotechnologyInformation)啟動了基因表達數(shù)據(jù)匯編計劃，目的是構(gòu)建一個基因表達綜合數(shù)據(jù)庫(GeneExpressionOmnibus，GEO)。GEO是為了建立一個在線的基因表達和分子雜交數(shù)據(jù)庫資源，以便更好地利用和挖掘這些數(shù)據(jù)。GEO憑著其操作簡單、數(shù)據(jù)全面、免費共享等特點，將在基因表達、數(shù)據(jù)挖掘、信息推廣等中發(fā)揮重要作用，為后續(xù)研究提供了更好的平臺。因為GEO是一個免費共享的網(wǎng)絡(luò)資源，所以可以

3、很容易在該數(shù)據(jù)庫中檢索并下載數(shù)據(jù)?；蛐酒夹g(shù)在宮頸癌研究中的應(yīng)用主要包括：宮頸癌基因表達譜的研究、宮頸癌分子流行病學(xué)的研究、宮頸癌病理分型的研究、宮頸癌放療敏感及抵抗的研究、宮頸癌治療藥物的篩選、宮頸癌基因組的研究。本課題旨在利用GEO中現(xiàn)有的宮頸癌相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù)，結(jié)合生物信息學(xué)方法對數(shù)據(jù)進行挖掘與分析，從分子水平揭示宮頸癌的發(fā)病機制，為臨床早期診治提供有效工具。本課題的目的及意義在于：首先，結(jié)合臨床醫(yī)學(xué)知識，從GEO數(shù)據(jù)庫大量基因

4、芯片數(shù)據(jù)集中，找到有價值的宮頸癌相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù)，并進行進一步挖掘探索，以期望找到對宮頸癌診治有幫助的基因靶點。其次，從GEO數(shù)據(jù)庫下載一些未被分析的數(shù)據(jù)集進行分析，或者從不同角度和深度進一步分析別人的基因芯片數(shù)據(jù)集，不僅能得到有價值的信息，而且節(jié)省了大量不必要的研究經(jīng)費。這將是基因芯片數(shù)據(jù)分析的一個重要分支。本課題的材料與方法：在GEO數(shù)據(jù)庫中利用“cervicalcancer’作為關(guān)鍵詞進行檢索，在25個檢索結(jié)果中選擇了序列GSE4