山羊GH基因部分序列多態(tài)及生物信息學(xué)分析.pdf

1、生長(zhǎng)激素(growth hormone，GH)是一種種屬特異性激素，由垂體前葉分泌，為機(jī)體正常生長(zhǎng)和泌乳所必需，在促進(jìn)蛋白合成、調(diào)節(jié)糖和脂肪代謝過(guò)程中發(fā)揮著重要的作用。本試驗(yàn)采用PCR-SSCP技術(shù)，將GH基因作為目的基因，對(duì)黃淮山羊、長(zhǎng)江三角洲白山羊以及波爾山羊168只個(gè)體進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)，分析山羊GH基因5′側(cè)翼區(qū)兩個(gè)位點(diǎn)以及第2和第3外顯子的遺傳多樣性，并分析了各多態(tài)位點(diǎn)與山羊體重性狀之間的關(guān)系，探討調(diào)控山羊生長(zhǎng)發(fā)育的基因位點(diǎn)，為黃

2、淮山羊、長(zhǎng)江三角洲白山羊的選育和保種提供理論基礎(chǔ)。在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步利用生物信息學(xué)軟件對(duì)GH基因的氨基酸組成、蛋白理化性質(zhì)、5′側(cè)翼序列的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)以及序列的特征進(jìn)行了分析，并進(jìn)行了結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測(cè)。研究結(jié)果如下： 1、山羊GH基因部分序列的PCR-SSCP分析在四個(gè)擴(kuò)增片段上均發(fā)現(xiàn)了突變，其中在第1對(duì)引物P1上出現(xiàn)6種基因型(AA，AB，BB，BC，CC，AC)；第2對(duì)引物P2上出現(xiàn)3種基因型(DD，DE，EE)；第3

3、對(duì)引物出現(xiàn)2種基因型(GG，GJ)；第4對(duì)引物出現(xiàn)6種基因型(MM，MN，NN，KK，MK，NK))。測(cè)序結(jié)果表明：第1個(gè)位點(diǎn)上存在2處突變，分別是60位C→T和211位C堿基的缺失；第2個(gè)位點(diǎn)上存在3處突變，分別是264位T→C，292位T→A，372位C→T；第2外顯子的782位發(fā)生了G→A的突變，并且該處突變導(dǎo)致了丙氨酸→蘇氨酸的改變；第3外顯子的存在兩處突變，分別是1116位A→G，1148位C→T，這兩處突變并未造成氨基酸的改

4、變，屬于無(wú)義突變。 2、GH基因群體遺傳學(xué)分析及與山羊生產(chǎn)性能的關(guān)系群體遺傳學(xué)分析表明：在第1個(gè)位點(diǎn)，黃淮山羊和長(zhǎng)江三角洲白山羊均以AB型個(gè)體最多，B等位基因頻率最高，達(dá)到0.55左右；第2個(gè)位點(diǎn)，三個(gè)群體均以DD型個(gè)體最多，以等位基因D為主，基因頻率在0.75～0.91之間；外顯子2只出現(xiàn)GG、GJ兩種基因型，并未發(fā)現(xiàn)JJ型個(gè)體，其中GJ基因型個(gè)體在三個(gè)山羊群體中出現(xiàn)頻率最高，在0.716～0.909之間；外顯子3在三個(gè)群體

5、中均以MM型個(gè)體居多，黃淮山羊和長(zhǎng)江三角洲白山羊都出現(xiàn)了MM、MN、KK、MK、NK等5種基因型個(gè)體，但是并未發(fā)現(xiàn)NN型個(gè)體；而波爾山羊則僅出現(xiàn)MM、MN、NN基因型個(gè)體，K等位基因未出現(xiàn)。群體平衡檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，山羊GH基因P2擴(kuò)增片段在三個(gè)品種中的x<'2>值都未達(dá)到顯著水平，處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)，而外顯子2的擴(kuò)增片段E2的x<'2>值則都達(dá)到顯著水平，三個(gè)群體在該位點(diǎn)的基因型分布極顯著偏離Hardy-

6、Weinberg平衡(P<0.01)，說(shuō)明該位點(diǎn)有經(jīng)過(guò)人工選擇的可能，此外，在P1位點(diǎn)，波爾山羊的基因型分布處于平衡狀態(tài)，而黃淮山羊和長(zhǎng)江三角洲白山羊則都偏離平衡狀態(tài)，在E3位點(diǎn)，波爾山羊和長(zhǎng)江三角洲白山羊處于平衡狀態(tài)，而黃淮山羊則偏離平衡狀態(tài)，估計(jì)原因是這兩個(gè)位點(diǎn)分別受到不同的選育方向或是遺傳進(jìn)化環(huán)境不同造成的。各多態(tài)位點(diǎn)與體重性狀的最小二乘分析表明：?jiǎn)?dòng)子區(qū)域第一個(gè)位點(diǎn)P1上黃淮山羊AA、CC基因型個(gè)體的出生重和周齡重均略高于BB型