肺癌相關(guān)EST序列的生物信息學(xué)分析和新基因發(fā)現(xiàn)研究.pdf

1、對(duì)表達(dá)序列標(biāo)簽(expressedsequencetag，EST)進(jìn)行大規(guī)模研究已成為功能基因組學(xué)研究的最佳途經(jīng)之一，本論文著重介紹和討論應(yīng)用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)EST數(shù)據(jù)的分析。對(duì)通過(guò)實(shí)驗(yàn)所獲得的差異基因片段進(jìn)行生物信息學(xué)分析，主要包括基于國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)的序列相似性分析、片段重疊群分析和全長(zhǎng)cDNA序列分析，以及如何構(gòu)建局域網(wǎng)并采用本地服務(wù)器進(jìn)行規(guī)?；臄?shù)據(jù)分析，從而為研究人員提供可參考的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析方案。 近年來(lái)，局部序列比對(duì)

2、搜尋基礎(chǔ)工具(BLAST)的研究取得了迅速發(fā)展，并被進(jìn)一步運(yùn)用到基因組測(cè)序、基因精確定位、基因圖位克隆以及基因組織結(jié)構(gòu)與功能研究等方面。因此，本文就BLAST的策略、一般過(guò)程進(jìn)行了著重討論，同時(shí)也對(duì)BLAST過(guò)程中存在的問(wèn)題、解決方法及發(fā)展前景進(jìn)行了論述。 本研究以生物信息學(xué)為研究方法，利用互聯(lián)網(wǎng)基因組資源，對(duì)一組采用mRNA差異顯示法(mRNAdifferentialdisplayPCR，DD-PCR)，對(duì)比肺癌組織與正常肺黏

3、膜組織mRNA的表達(dá)差異，克隆肺癌差異片段，經(jīng)過(guò)RNA的測(cè)序以及序列分析和通過(guò)BLAST程序同EMBL數(shù)據(jù)庫(kù)和GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比較及同源性分析。使用BLAST軟件，將所得到的9條序列與EST數(shù)據(jù)庫(kù)和基因組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析，以獲得序列的特征信息，并篩選出有意義的EST序列。 通過(guò)生物信息學(xué)方法快速篩選獲得肺癌相關(guān)已知EST序列3條，排除1條DNA污染序列。分析結(jié)果顯示有2條序列與已知區(qū)域匹配；多數(shù)序列與已知CDS的外顯子

4、同源，對(duì)其中幾條差異表達(dá)條帶進(jìn)行克隆、測(cè)序，經(jīng)序列分析及同源性比較，表明確認(rèn)其中2條為GenBank/BLAST中尚未收錄的片段，已用sequin提交EST數(shù)據(jù)庫(kù)；其余幾條不確定序列已通過(guò)理化特性分析的方法進(jìn)一步證實(shí)其特性。 本研究用ESTs序列對(duì)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blastn比較，采用生物信息學(xué)方法，運(yùn)用網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)資源，結(jié)合相關(guān)生物信息學(xué)軟件將目標(biāo)序列進(jìn)行搜索、處理、拼接、延伸，得到的最后重疊群，用DNAssist、SEQMA