番茄DWD家族的生物信息學(xué)分析及生化特征.pdf

1、WD40家族的一個(gè)亞家族DWD(DDB1-binding WD-repeat domain)家族蛋白被證明在CUL4泛素E3連接酶復(fù)合體中起到底物識(shí)別亞基的作用。但是，在番茄（Solanum lycopersicum）中對(duì)這個(gè)亞家族的相關(guān)信息卻知之甚少。在本研究中，基于最近公布的番茄基因組注釋序列，對(duì)100個(gè)編碼DWD蛋白且可能與DDB1蛋白產(chǎn)生相互作用的番茄基因進(jìn)行了鑒定和分析，分析內(nèi)容包括詳細(xì)注釋信息、染色體定位和保守氨基酸結(jié)構(gòu)域組

2、成等。此外，我們還構(gòu)建了這個(gè)亞家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，發(fā)現(xiàn)家族成員主要聚類(lèi)成三個(gè)大組。另一方面，我們通過(guò)酵母雙雜交和免疫共沉淀的實(shí)驗(yàn)方法檢驗(yàn)了14個(gè)代表性番茄DWD蛋白和DDB1蛋白之間的直接互作，并且，在亞細(xì)胞定位實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)它們中的6個(gè)成員同時(shí)定位在細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中，7個(gè)成員特有地定位在細(xì)胞質(zhì)中，還有1個(gè)成員蛋白既能同時(shí)存在于細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中也能只存在于細(xì)胞質(zhì)中。此外，我們還通過(guò)比較基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，該亞家族成員數(shù)量的擴(kuò)增主要得益于進(jìn)化過(guò)程