2002~2010年浙江省急性出血性結(jié)膜炎暴發(fā)疫情病原CA24v的全基因組分析.pdf

1、目的：
　　1、研究2002-2010年浙江省 CA24v病毒流行株在各基因及全序列層面的核苷酸、氨基酸、糖基化位點(diǎn)等的變異情況與進(jìn)化速率，并探討近十年來浙江省CA24v病毒株與國內(nèi)外不同時期流行株間的差異。
　　2、分析國內(nèi)外 CA24流行株中各基因及全序列上的重組狀況，推算柯薩奇 A組24型變異病毒流行株 VP1基因和3C基因的進(jìn)化速率與進(jìn)化分歧時間，從而探討 CA24v病毒的進(jìn)化特征。
　　方法：
　　選擇

2、浙江省在2002-2010年之間分離的13株 CA24v病毒流行株，在 Hep-2細(xì)胞上增殖 CA24v病毒，并采用實(shí)時熒光定量 RT-PCR鑒定，用RT-PCR法擴(kuò)增病毒核酸的相應(yīng)片段，進(jìn)行全序列測定，對獲得的序列用生物軟件進(jìn)行拼接與分析，并與國內(nèi)外分離的流行株進(jìn)行比較，同時檢測 CA24v病毒各基因及全序列中發(fā)生的重組事件，最后用貝葉斯-馬爾科夫鏈-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子鐘方法對國內(nèi)外不同年代分離的CA24v病

3、毒流行株的VP1和3C基因進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析，計算 CA24v型流行株的起源與分化時間。
　　結(jié)果：
　　1、3株浙江省 CA24v病毒流行株的全基因序列長度為7456-7458個核苷酸。2010年流行株與2002年流行株相比，在5′非編碼區(qū)的核糖體結(jié)合位點(diǎn)存在兩個T堿基插入。
　　2、浙江省 CA24v流行株 VP1、VP2和 VP3三個基因的細(xì)胞表位區(qū)分別存在16、7、3個氨基酸位點(diǎn)的變異，其他基因也存在一定數(shù)量的

4、氨基酸變異。CA24v全序列中存在若干熵值較高的位點(diǎn)，但是各氨基酸位點(diǎn)的Ka/Ks均小于1。1970-2011年國內(nèi)外 CA24v型病毒流行株共有4個糖基化位點(diǎn)發(fā)生改變。在 CA24v的個別流行株序列中發(fā)現(xiàn)有重組事件的發(fā)生。
　　3、近十年來浙江省急性出血性結(jié)膜炎暴發(fā)疫情病原均為CA24v型，2002年、2007～2008年以及2010年浙江省分離的CA24v流行株，在系統(tǒng)進(jìn)化樹上分別聚集在CA24v GⅣ分支的C2、C3和C4小

5、分支上。
　　4、CA24型病毒 VP1基因的核苷酸堿基替代率為4.86×10-3(3.522×10-3-6.167×10-3)替代/位點(diǎn)/年，推算 CA24型原型與變異型的最近共同祖先出現(xiàn)在1909(1885-1930)年，變異型(CA24v)的分化時間點(diǎn)為1942(1927-1958)年；3C基因的核苷酸平均堿基替代率為4.737×10-3(3.237×10-3-6.434×10-3)替代/替代/年，推算 CA24型原型與變異

6、型(CA24v)的最近共同祖先出現(xiàn)在1926(1879-1942)年，變異型的分化時間點(diǎn)為1961(1954-1969)年。
　　結(jié)論：
　　CA24v是引起我國及急性出血性結(jié)膜炎暴發(fā)疫情的最主要病原，該病毒的氨基酸序列較為穩(wěn)定。CA24型原型病毒并非是引起急性出血性結(jié)膜炎的病原，而只是和引起急性出血性結(jié)膜炎暴發(fā)的CA24v型病毒有接近親緣關(guān)系的一種腸道病毒。CA24型原型與變異型的最近共同祖先出現(xiàn)在19世紀(jì)末到20世紀(jì)40