銀杏?xùn)|西譜系分化機(jī)制研究——基于葉綠體基因組和比較轉(zhuǎn)錄組方法.pdf

1、銀杏屬植物(Ginkgo spp.)在中生代侏羅紀(jì)曾廣泛分布于北半球，但自中新世以來(lái)，陸續(xù)在北美、歐洲、東亞日本等地滅絕，僅在我國(guó)長(zhǎng)江中下游地區(qū)殘存了銀杏(Ginkgo bilobaLinn.)的少數(shù)種群，這些種群分化為兩個(gè)遺傳譜系，分別分布于中國(guó)東部（以浙江天目山為代表）和中西部（以貴州務(wù)川、重慶金佛、湖北恩施等為代表）。但是由于傳統(tǒng)分子標(biāo)記的信息量不足和進(jìn)化中性，銀杏的譜系分化格局、分化時(shí)間及其進(jìn)化動(dòng)力尚未得到很好解決。因此，本文在

2、實(shí)驗(yàn)室前期工作基礎(chǔ)上，選擇銀杏10個(gè)代表性cpDNA單倍型個(gè)體，進(jìn)行葉綠體基因組的高通量測(cè)序，基于高分辨的信息位點(diǎn)，解析銀杏遺傳譜系的分化格局及其系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，并估算譜系分化的時(shí)間;同時(shí)，通過(guò)銀杏?xùn)|亞分布區(qū)的生態(tài)位重建(ENM)和東、西地理譜系代表性種群（天目山和金佛山）的環(huán)境因子對(duì)比分析，鑒定主效性和差異性環(huán)境因子，進(jìn)而開(kāi)展這兩個(gè)代表性種群的比較轉(zhuǎn)錄組分析，旨在檢驗(yàn)是否存在環(huán)境分化選擇，并鑒定受選擇的候選功能基因。結(jié)果如下，
　

3、　1.葉綠體基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)化:銀杏葉綠體基因組長(zhǎng)度為156，929-156，999 bp，長(zhǎng)單拷貝區(qū)(LSC區(qū))長(zhǎng)度為99，202-99，269 bp，短單拷貝區(qū)(SSS區(qū))長(zhǎng)度為22，256--22，283 bp，兩個(gè)反向重復(fù)區(qū)(IR區(qū))總長(zhǎng)為35，464-35，466 bp，長(zhǎng)度差異不大。插入缺失(Insertion/Deletion，indels)變異主要發(fā)生在兩個(gè)單拷貝區(qū)域，而反向重復(fù)區(qū)僅相差一個(gè)堿基的變化。共鑒定了152個(gè)變異區(qū)

4、域，包括115個(gè)SNP位點(diǎn)和37個(gè)Indel位點(diǎn);并鑒定了5個(gè)多重復(fù)單元的EST-SSR位點(diǎn)為西部種群所特有，并對(duì)其設(shè)計(jì)引物，可用于后續(xù)種源鑒定分析。
　　2.遺傳譜系的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系及分化時(shí)間:供試10個(gè)cpDNA單倍型的葉綠體基因組共分成三個(gè)高支持率的支系，即東部避難所支系、西部避難所支系以及廣布的H1單倍型支系，西部支系首先分化。支持我們前期提出的東、西兩大“避難所”假說(shuō)，并進(jìn)一步揭示了其形成的兩次譜系分化事件?；?3個(gè)cp

5、DNA基因、4個(gè)蘇鐵類(lèi)化石校正點(diǎn)，估算得到銀杏西部支系首先發(fā)生分化的時(shí)間為1.072 Mya(95％ HPD:0.2740-2.312)，東部支系與H1支系的分化時(shí)間為0.6920 Mya(95％ HPD:0.1730-1.459)。
　　3.地理分布的主效性和差異性環(huán)境因子:ENM的結(jié)果顯示，影響銀杏分布的主要環(huán)境因子為水分和低溫。同時(shí)，金佛山與天目山氣候因子（近50年數(shù)據(jù)）的T檢驗(yàn)分析結(jié)果表明，兩地在最高溫度、降水量以及日照時(shí)

6、間等因子上存在顯著性差異（P＜0.05），暗示環(huán)境分化選擇為可能在東西譜系分化起到作用。
　　4.環(huán)境分化選擇的候選基因:轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接得到59，585個(gè)unigenes、46，133個(gè)注釋基因，東西部譜系差異表達(dá)基因9114個(gè)，GO分類(lèi)注釋結(jié)果揭示這些基因主要與生物學(xué)過(guò)程、細(xì)胞組分、分子功能相關(guān)的基因。以毛果楊、水稻、擬南芬和葡萄為參考基因組，在銀杏中共找到141個(gè)長(zhǎng)度大于600 bp的單拷貝核基因，其中表達(dá)差異2倍以上的有18