藏族人群15號(hào)染色體中心粒區(qū)域基因的單倍型圖譜的構(gòu)建和FCAR基因與IgA腎病相關(guān)關(guān)系的研究.pdf

1、遺傳多態(tài)性及其對(duì)基因功能的影響是目前基因組學(xué)研究的熱點(diǎn)之一。隨著國(guó)際單體型圖計(jì)劃(HapMap project)數(shù)據(jù)的公布和超高通量基因型鑒定平臺(tái)的出現(xiàn)，利用全基因組關(guān)聯(lián)分析法(genome-wide association approach)進(jìn)行復(fù)雜性狀/疾病的遺傳變異的研究將很快成為現(xiàn)實(shí)。盡管這一方法的檢測(cè)效能已得到廣泛認(rèn)同，但是這一研究對(duì)揭示群體遺傳差異程度的要求及怎樣才能最好的運(yùn)用這些信息去進(jìn)行研究仍為爭(zhēng)論的熱點(diǎn)。為了探討這個(gè)問

2、題，本研究在50例藏族志愿者中對(duì)15號(hào)染色體中心粒區(qū)域的7個(gè)基因進(jìn)行了測(cè)序，鑒定了該區(qū)域中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)、SNP頻率、標(biāo)簽SNP(tag SNP)、連鎖不平衡(LD)結(jié)構(gòu)和單體型組成，并將以上數(shù)據(jù)和漢族人群進(jìn)行了比較。同時(shí)本研究還對(duì)藏漢兩個(gè)群體的遺傳差異進(jìn)行了量化分析。本研究結(jié)果顯示藏漢兩個(gè)群體間這一區(qū)域在總體上無顯著的遺傳差異，但某些等位基因頻率存在顯著的不同，而等位基因頻率是構(gòu)建單體型和選擇標(biāo)簽SNP的決定因素之一。在總

3、體上，和漢族相比這一區(qū)域藏族人群連鎖不平衡區(qū)域較長(zhǎng)而遺傳差異較小。本研究為藏漢兩群體間具有很近的親緣關(guān)系提供了遺傳學(xué)上的證據(jù)，并支持所有群體從根本上是同等的觀點(diǎn)，同時(shí)也提示在復(fù)雜性狀/疾病的研究中需要考慮群體間的差異，特別是等位基因頻率的差別。本研究所獲數(shù)據(jù)不僅有助于對(duì)藏族該區(qū)域基因組結(jié)構(gòu)的理解，而且還對(duì)以藏族同胞為研究對(duì)象的在這一基因組節(jié)段及其所含基因所進(jìn)行的研究提供了有用的工具。 IgA腎病是人類各種族中最常見的原發(fā)性腎小球

4、疾病，是引起終末期腎病的主要原發(fā)病之一。IgA腎病屬于復(fù)雜疾病。近年來，國(guó)際國(guó)內(nèi)的研究進(jìn)展表明遺傳因素是本病病因和發(fā)病機(jī)理的關(guān)鍵因素之一。IgA及其復(fù)合物代謝異常被認(rèn)為是IgA。腎病的主要發(fā)病機(jī)理之一。FCAR是骨髓源細(xì)胞膜上的IgAFc特異性受體，IgA/IgA-免疫復(fù)合物與其結(jié)合后通過內(nèi)吞作用進(jìn)入細(xì)胞，或則被清除，或再循環(huán)至細(xì)胞外；IgA-FCAR還可活化胞內(nèi)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路；觸發(fā)炎癥反應(yīng)?，F(xiàn)有FCAR基因遺傳多態(tài)性和IgA腎病相關(guān)關(guān)系

5、研究?jī)H有的2篇報(bào)導(dǎo)均來自于日本人群，且結(jié)論恰好相反。這兩個(gè)研究的樣本量較小，研究的區(qū)域沒有覆蓋整個(gè)FACR基因，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)相對(duì)簡(jiǎn)單，其結(jié)論被認(rèn)為是不確定的。本研究采用國(guó)際全基因組相關(guān)研究workshop所推薦的多階段，單倍體和功能性檢驗(yàn)為基礎(chǔ)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)對(duì)FCAR和IgA腎病的相關(guān)關(guān)系進(jìn)行系統(tǒng)的，覆蓋這一基因全基因組節(jié)段的研究。本研究首先對(duì)FCAR基因的外顯子、外顯子一內(nèi)含子交界區(qū)及5’端和3’端UTR區(qū)，并包括了第一外顯子上游及最后一個(gè)外

6、顯子下游各至少1 Kb的基因組節(jié)段進(jìn)行了重測(cè)序(re-sequence)，構(gòu)建了基于覆蓋整個(gè)基因全基因組節(jié)段的連鎖不平衡結(jié)構(gòu)及每一單倍型域中的單倍型。本研究其次用傳遞不平衡檢驗(yàn)(TDT)進(jìn)行了以家庭為基礎(chǔ)的相關(guān)關(guān)系研究(350個(gè)家庭)并鑒定了和IgA腎病相關(guān)的單倍型(GATCCC/AATCCC，P=0．004)及其內(nèi)包含的可能有功能意義的SNPs(-114T，P=0．002；-27C，P=0．024)。本研究又進(jìn)一步在病例一對(duì)照研究(5

7、40例病人，513例對(duì)照)中檢驗(yàn)并證實(shí)了以家庭為基礎(chǔ)的相關(guān)關(guān)系研究的結(jié)果(GATCCC/AATCCC，P=0．0043；-27T/C，P=0．009)。由于這一相關(guān)性單倍型及最可能有功能意義的SNP位于基因的5’端，本研究又進(jìn)一步進(jìn)行了瞬時(shí)轉(zhuǎn)染(transient transfection)和等位基因特異性表達(dá)差異(allele-specific gene expressassay)研究，其結(jié)果表明該陽性的單倍型及SNPs有降低FCAR