長雄蕊野生稻(Oryza longistaminata)基因組分析及穗長QTLs定位.pdf

1、水稻(Oryza sativa L.)是世界上最重要的糧食作物之一，中國就有一半以上的人口以稻米為主食。長雄蕊野生稻（Oryza longistaminata）是一種起源于非洲的野生稻種，與栽培稻同屬于AA基因組。長雄蕊野生稻對白葉枯病和稻瘟病等多種病害具有良好的抗性，而且具有很多有利的農(nóng)藝性狀，可用于培育高產(chǎn)的亞洲栽培稻新品種。穗是水稻的經(jīng)濟器官，直接決定水稻的產(chǎn)量，穗長是水稻產(chǎn)量構成的主要因素之一。雖然已經(jīng)有較多報道對控制水稻穗長的

2、基因或QTL進行了研究，但很少有以野生稻為研究對象。
　　在本研究中，以黃華占為母本、長雄蕊野生稻為父本，構建了F2無性系群體，用于穗長QTL定位;對親本黃華占和長雄蕊野生稻全基因組重測序，并對其基因組進行分析。研究結(jié)果如下:
　　1.對長雄蕊野生稻和黃華占全基因組重測序數(shù)據(jù)與參考基組(Oryza_indica_9311ensembl release22)比對結(jié)果表明:長雄蕊野生稻能比對上參考序列reads的數(shù)量為61435

3、516，占總Clean Bases比例為96.17％;黃華占能比對上參考序列reads的數(shù)量為28453628，占總Clean Bases比例為98.96％。同時在長雄蕊野生稻和黃華占間檢測出大量SNP/InDel位點，其中長雄蕊野生稻和黃華占間的SNP位點有7451883個;長雄蕊野生稻和黃華占間InDel位點有79854個，這些位點可用于開發(fā)兩個親本間的多態(tài)性分子標記。
　　2.獲得了以黃華占為母本與長雄蕊野生稻為父本的130

4、株系的的F2無性系群體。
　　3.利用147個多態(tài)性分子標記構建了覆蓋水稻12條染色體的分子連鎖圖譜，該圖譜總長1844.38cM，標記之間的平均距離為12.55cM。
　　4.長雄蕊野生稻穗長(39.65 cm)和黃華占穗長(26.94cm)存在顯著性差異，在F2群體表現(xiàn)出超親分離，遺傳分析表明，穗長表型呈正態(tài)分布，是由多基因控制的數(shù)量性狀。
　　5.在兩個不同環(huán)境下共檢測到6個穗長QTL,分別位于第4、9、10和1