18388.abeemσπ極化力場(chǎng)和abinitio方法應(yīng)用于氨基酸二肽水溶液的研究

1、分類(lèi)號(hào)：密級(jí)：學(xué)校代碼：10165學(xué)號(hào)：201211000941遣享何花大擎碩士學(xué)位論文ABEEMt了n極化力場(chǎng)和AbInitio方法應(yīng)用于氨基酸二肽水溶液的研究作者姓名：學(xué)科、專(zhuān)業(yè)：研究方向：導(dǎo)師姓名：郭威威物理化學(xué)理論與計(jì)算化學(xué)趙東霞教授20l5年4月遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要蛋白質(zhì)對(duì)生命活動(dòng)有很重要的作用，構(gòu)成它最基本的物質(zhì)是氨基酸。通常生物和化學(xué)反應(yīng)在溶液中進(jìn)行，尤其是水溶液，進(jìn)而研究氨基酸二肽的水溶液的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)具有重要意義

2、。本文首先應(yīng)用ABEEMo吼浮動(dòng)電荷極化分子力場(chǎng)，采用NVT系綜，在溫度為298K下對(duì)氨基酸二肽的水溶液進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬。模擬1ns后，計(jì)算其非氫原子坐標(biāo)與初始結(jié)構(gòu)相比的均方根偏差平均值，其中非氫原子包括骨架原子、Ca原子、支鏈原子和重原子。然后使用ABEEMordGB／SA模型計(jì)算它們的溶劑化自由能、溶劑化自由能的非極性和極性部分、溶劑可及表面積以及親水表面積和疏水表面積。ABEEMo阢極化分子力場(chǎng)與GB／SA結(jié)合所計(jì)算它們的溶劑化自由

3、能都小于零，即都可以溶于水。獲得二肽分子的溶劑可及表面積與其自身含有的原子數(shù)成正比；獲得了Arg、Glu、Lys、Asp、His、Gly、Thr、Cys、Asn、Ser、GIn、Tyr二肽親水性較強(qiáng)：Leu、Met、Phe、Pro、Trp、Val、Ala、lie二肽疏水性較強(qiáng)。也就是說(shuō)，極性二肽更易親水，與實(shí)驗(yàn)事實(shí)相符。此外，還應(yīng)用了Gaussian程序包中的極化的連續(xù)介質(zhì)模型(PC峋的MP2／augccpvdz方法計(jì)算了中性極性的二肽

4、和帶電的極性的二肽在不同溶劑中的溶劑化自由能。這些溶劑包括極性溶劑的水和四氫呋喃(PIF)，以及非極性溶劑的氯仿(CHCl3)和四氯化碳(cch)。獲得了極性二肽比非極性二肽更易溶于水和四氫呋喃(THF)。最后，ABED如怕B／SA模型所計(jì)算的中性氨基酸二肽分子的溶劑化自由能與AbInitio方法得到的進(jìn)行比較，得到的數(shù)值相差不大，有很好的一致性。說(shuō)明ABEEMo吼浮動(dòng)電荷極化分子力場(chǎng)可以很好地研究氨基酸二肽水溶液以及較準(zhǔn)確地計(jì)算它們的