胡蘿卜軟腐果膠桿菌代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及殺菌劑靶標初篩.pdf

1、胡蘿卜軟腐果膠桿菌是一種強致病性革蘭氏陰性植物致病菌，通過分泌果膠酶、纖維素酶、蛋白酶等酶系降解植物的維管束細胞，導致植物罹患軟腐病。胡蘿卜軟腐果膠桿菌胡蘿卜亞種PC1菌株(Pectobacterium carotovorum PC1，Pct)的宿主范圍分布廣泛，造成了該菌種難以根治的局面，每年都帶來巨大的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟損失。由于缺少專一性的殺菌劑，目前針對植物軟腐病仍主要采用預防為主的手段。全基因組代謝網(wǎng)絡(luò)集合了多種類型的數(shù)據(jù)，可以將基因型

2、和表型結(jié)合起來，從組學的角度探究胡蘿卜軟腐果膠桿菌的代謝形式，挖掘有用的殺菌劑靶標。本文從模式物種大腸桿菌的最新版代謝網(wǎng)絡(luò)iJO1366出發(fā)，采用同源基因映射的方法，獲得目的菌種的代謝網(wǎng)絡(luò)草圖。之后結(jié)合基因組信息、KAAS細菌基因組重注釋信息、理化實驗數(shù)據(jù)以及文獻信息，成功構(gòu)建了胡蘿卜軟腐果膠桿菌胡蘿卜亞種PC1菌株的全基因組代謝網(wǎng)絡(luò)模型，并命名為iPC1209。該模型共含有2235個代謝反應(yīng)，以及1113種化合物。對模型的1209個基

3、因和2235個代謝反應(yīng)按照功能進行分類后顯示，本文所構(gòu)建的代謝網(wǎng)絡(luò)模型iPC1209基本上涵蓋了細胞所必需的代謝反應(yīng)。我們還通過細胞表型芯片實驗對模型的C、N、P、S源的代謝情況進行驗證，在184個營養(yǎng)物質(zhì)中有149個化合物的計算機模擬情況與實驗結(jié)果相符，顯示該模型的準確性為81％，具有一定的應(yīng)用價值。此外，我們還對胡蘿卜軟腐果膠桿菌與大腸桿菌、鼠傷寒沙門氏菌、肺炎克雷伯氏菌的細胞表型進行比較，揭示了四種不同腸桿菌屬細菌的異同，并在模型