北京油雞全基因組CNVs及其與部分免疫性狀關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、拷貝數(shù)變異（Copy Number Variation，CNV）是指與基因組參考序列相比，基因組中大于等于1kb的DNA片段的插入、缺失或擴(kuò)增，及其互相結(jié)合衍生出的復(fù)雜變異，與某些疾病的發(fā)生或抗性相關(guān)。本研究利用高密度60 K SNP芯片對(duì)北京油雞群體進(jìn)行CNV檢測(cè)，篩選與免疫能力相關(guān)并存在CNV的基因或相關(guān)區(qū)間及位點(diǎn)，為標(biāo)記輔助選擇及開展抗病育種提供理論基礎(chǔ)。
　　研究群體來(lái)自北京油雞保種群三個(gè)世代共1310只個(gè)體?；谌后w水平

2、，共檢測(cè)到1005個(gè)CNVRs，包含155個(gè)缺失，778個(gè)增加，72個(gè)缺失-增加;基于家系關(guān)系，共檢測(cè)到319個(gè)CNVRs，包含67個(gè)缺失，224個(gè)增加，28個(gè)缺失-增加;分別覆蓋雞基因組的17.3％和8.9％，總長(zhǎng)為179 Mb和91.64 Mb。綜合群體和家系篩選結(jié)果，對(duì)在三個(gè)及三個(gè)以上同時(shí)篩選出的CNVR，稱之為高置信CNVR，共發(fā)現(xiàn)141個(gè)高置信CNVRs。對(duì)這些區(qū)域進(jìn)行基因注釋，結(jié)果發(fā)現(xiàn)121個(gè)區(qū)域富含基因或編碼序列，其中RH

3、ACD8，MHC class Iantigen，IL11RA，VAV2和zinc finger protein692（ZFP692）等與雞免疫相關(guān)的基因均可能存在拷貝數(shù)變異。隨機(jī)選擇13個(gè)體，利用Q-PCR熒光定量方法進(jìn)行CNV驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)在不同個(gè)體中RHACD，MHC B-G及ZFP692存在拷貝數(shù)變異。
　　基于前期全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果，挑選分析4、16、Z染色體上CNV進(jìn)行多態(tài)性分析并與血清IgG含量和禽流感抗體滴度關(guān)聯(lián)分析。

4、研究發(fā)現(xiàn)檢測(cè)的CNVs均處中度多態(tài)。關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)，GGA16上CNV(201882-299166bp)區(qū)域?qū)gG抗體含量影響顯著(P＜0.05)，其它均不顯著。
　　采用Haploview4.1和PHASE2.0軟件對(duì)GGA16檢測(cè)到的30個(gè)SNP標(biāo)記進(jìn)行連鎖不平衡、單倍型分析與IgG的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，該區(qū)域存在2個(gè)單倍型塊。其中單倍型H2的血清中IgG濃度是H3的1.06倍，差異顯著(P＜0.05)，雙倍型H1H2是H3H

5、3的1.45倍(P＜0.05)。挑選出8個(gè)可能與IgG抗體含量相關(guān)的SNP位點(diǎn)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101不同基因型之間差異顯著(P＜0.05)。
　　綜上，北京油雞中共檢測(cè)到141個(gè)高置信CNVR，其中RHACD8等與免疫相關(guān)的基因在不同個(gè)體中存在拷貝數(shù)變異。關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101和拷貝數(shù)變異CNV