用微衛(wèi)星方法進行犬種鑒定.pdf

1、犬是遺傳病高發(fā)群體,我國多數(shù)寵物犬沒有清晰的遺傳背景族譜，因此在臨診實踐中較難根據(jù)犬種特發(fā)病來輔助診斷，在寵物主的喂養(yǎng)和管理中也很難根據(jù)其遺傳特點進行合理喂養(yǎng)和管理。通過外觀判定犬種有一定的局限性，本研究嘗試利用微衛(wèi)星標記進行犬的犬種鑒定。
　　本研究首先利用美國犬基因組測序小組在65個微衛(wèi)星位點上的百余頭美國犬業(yè)協(xié)會注冊的純種犬的微衛(wèi)星基因型數(shù)據(jù)，選取其中39個中國寵物飼養(yǎng)中常見的品種，分別比較位點頻率法、貝葉斯法和遺傳距離法對

2、數(shù)據(jù)庫中的犬個體進行個體歸類的準確度。并用structure軟件分析犬個體的基因遺傳來源以探索對犬個體的純種分析可行性。在65個位點基礎(chǔ)上根據(jù)期望雜合度、多態(tài)性信息、F統(tǒng)計、觀測雜合度值及基于上述值由高至低及BELS算法和隨機序列的統(tǒng)計排序進行1個到65個位點組合，用上述方法進行個體歸類，以找到經(jīng)濟的較少的檢測位點組合。并采集15頭12個品種的犬進行15個位點的PCR擴增以行驗證。
　　在對39個犬種的微衛(wèi)星基因型數(shù)據(jù)庫分析后發(fā)現(xiàn)

3、，在使用全部65個位點的情況下，使用位點頻率法，92.1％的犬被正確歸類到自己所屬的犬種，貝葉斯方法正確歸類率97.7%，遺傳距離法正確歸類率71.7%。并且多數(shù)犬種都表現(xiàn)出種群成分基因組來源的單一性。
　　65個座位經(jīng)排序后的歸類正確率檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn)前10個高多態(tài)性位點依序加入時，歸群準確率迅速上升，增加到25個座位時，準確率上升率放緩，而在多于25個位點以后，準確率基本穩(wěn)定。說明可以用較少的位點達到近似的檢測效果。
　　在