基于葉綠體DNAtrnL-FB序列研究天然紅松的分子系統(tǒng)地理學(xué).pdf

1、本研究以分布在我國遼寧、吉林、黑龍江三省天然紅松(Pinus koraiensis)的25個(gè)種群共125個(gè)個(gè)體為材料,通過PCR產(chǎn)物直接測序的方法測定了葉綠體DNA(cpDNA)trnL-FB非編碼區(qū)序列,并根據(jù)此數(shù)據(jù)進(jìn)行分子系統(tǒng)地理學(xué)研究,以探討我國東北地區(qū)天然紅松系統(tǒng)發(fā)育地理模式,初步推測第四紀(jì)冰期來臨時(shí)我國天然紅松可能的冰期避難所以及冰期后的擴(kuò)散情況。
　　 測序共得到DNA序列116條,可信長度介于661bp-666bp

2、,平均長度為661.2bp,顯示出長度多態(tài)性。在堿基組成方面,A+T含量(65.3％)較G+C的含量(34.7％)略高,許多非編碼區(qū)序列都具此性質(zhì)。A、T、G、C四種核苷酸的平均比例分別為32.8％、32.5％、17.4％、17.3％。
　　 通過Clustal X ver1.81軟件對獲得的116條DNA序列進(jìn)行比對分析,共發(fā)現(xiàn)變異位點(diǎn)20個(gè),變異類型16種,定義cpDNA單倍型共17種,命名為HA-HQ。其中單倍型HA分布廣

3、泛,代表各種群來源相同的組成部分,為祖先單倍型,其余單倍型多為特有單倍型,少數(shù)單倍型存在共享現(xiàn)象。結(jié)合種群地理分布狀況,可以看出,遼寧、吉林、黑龍江地區(qū)的各別種群存在基因交流,單倍型的共享方式只有遼寧-吉林、黑龍江-吉林兩種,其中吉林省包含了大多數(shù)的單倍型,遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于其他兩省。
　　 通過分子進(jìn)化遺傳分析軟件MEGA4.0構(gòu)建天然紅松單倍型的NJ法系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)合種群的地理分布及綜合共享單倍型和特有單倍型的分布情況,首先確定我國天