凡納濱對(duì)蝦EST-SSR標(biāo)記的建立及人工選育群體的SSR分析.pdf

1、本文利用生物信息學(xué)方法在NCBI上查找已經(jīng)登記的凡納濱對(duì)蝦(Litopenaeus vannamei) EST數(shù)據(jù)庫(kù)，共搜索到凡納濱對(duì)蝦EST序列156，956條，數(shù)目龐大，為建立和應(yīng)用多態(tài)性好的EST—SSR分子標(biāo)記奠定了良好的基礎(chǔ)。使用微衛(wèi)星DNA位點(diǎn)查找軟件SSR—Hunter對(duì)其進(jìn)行了微衛(wèi)星序列的搜索，結(jié)果得到11，710條含有微衛(wèi)星序列的凡納濱對(duì)蝦EST序列，占整個(gè)ESTs數(shù)據(jù)庫(kù)的7.46％，其中雙堿基重復(fù)序列為6，025個(gè)，

2、三堿基重復(fù)序列4，849個(gè)，分別占ESTs數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)微衛(wèi)星序列總數(shù)的51.45％和41.41％。大部分發(fā)現(xiàn)的微衛(wèi)星序列均為Perfect形式的重復(fù)序列。在發(fā)現(xiàn)的雙堿基重復(fù)微衛(wèi)星重復(fù)序列中，最多的為(AG)n、(AC)n型重復(fù)，出現(xiàn)次數(shù)分別是1，709和1，261，分別占微衛(wèi)星序列總數(shù)的14.73％和10.87％，占雙堿基重復(fù)總數(shù)的28.37％和20.93％；在三堿基重復(fù)序列中，出現(xiàn)最多的是(TAA)n和(ATT)n，分別出現(xiàn)了723次

3、和664次，占微衛(wèi)星總數(shù)的6.23％和5.72％，占三堿基序列重復(fù)的14.91％和13.69％。 利用引物設(shè)計(jì)軟件Primer Premier(Version5.00)對(duì)符合引物設(shè)計(jì)的序列進(jìn)行微衛(wèi)星引物的設(shè)計(jì)，共設(shè)計(jì)引物538條，占總EST—SSR序列的4.59％。經(jīng)過PCR擴(kuò)增和1％的瓊脂糖凝膠電泳，共有338對(duì)引物能比較清晰的擴(kuò)增出特異性產(chǎn)物，占全部EST—SSR設(shè)計(jì)引物的62.8％。其中有261對(duì)引物表現(xiàn)出多態(tài)，并顯示出比

4、較高的多態(tài)信息含量，適合進(jìn)行各種遺傳學(xué)分析。 利用建立的凡納濱對(duì)蝦SSR—PCR技術(shù)對(duì)凡納濱對(duì)蝦人工選育第四代和第五代群體、人工選育抗病群體和敏感群體的遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)第四代群體的Shannon多樣性指數(shù)顯著性大于第五代的Sbannon多樣性指數(shù)，2個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)(v9.77和v10.93)在第四代家系403202中表現(xiàn)為多態(tài)，而在403206和第五代家系503-2-2-4和503-2-2-17中卻沒有