山羊和MPO和IDO1基因變異分析.pdf

1、本研究旨在研究山羊IDO1和MPO基因受到正選擇的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SingleNucleotidePolymorphism，SNP)。在研究中，我們通過測(cè)定脫氧核糖核酸序列的方法得到了106只山羊中IDO1基因的多態(tài)性，最終在IDO1序列的外顯子2-3和外顯子10區(qū)域中共得到了5個(gè)突變位點(diǎn)。隨后對(duì)IDO1基因外顯子2-3(G290A;T309C)和外顯子10(G290A;T309C)的進(jìn)行基因分型，并通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polyme

2、raseChainReaction，PCR)檢測(cè)多態(tài)性位點(diǎn)。我們?cè)贛PO基因的外顯子3-4中發(fā)現(xiàn)了一些突變，但是并未導(dǎo)致氨基酸變化。由于密碼子的簡(jiǎn)并性，這些突變并未改變編碼蛋白的氨基酸序列，最終成為對(duì)機(jī)體沒有影響的沉默突變。
　　系統(tǒng)發(fā)生分析表明，山羊IDO1和MPO基因與綿羊具有最高的相似性，高達(dá)98％和99％，與此同時(shí)山羊MPO基因與斑馬魚和小鼠僅有72％和83％的相似性。通過似然比檢驗(yàn)，在使用樸素貝葉斯方法(NaiveEmp

3、iricalBayes，NEB)分析正選擇M8位點(diǎn)時(shí)候發(fā)現(xiàn)，IDO1和MPO表現(xiàn)出了較為豐富的參數(shù)信息。結(jié)果顯示IDO1基因中有10個(gè)位點(diǎn)受到正選擇（IDO1的LRTs分別為3.184和18.858，MPO為33.124）。這些位點(diǎn)包括350R、371N、398L、400T、302E、435T、231K、213I、210Y、18T(P＞0.95);MPO有五個(gè)位點(diǎn)51E、652E(P＞0.95)、325S、742S、765G(P＞0.9