根結(jié)線蟲DNA條形碼標記篩選及在進境檢疫性線蟲中適用性分析.pdf

1、植物寄生線蟲是一種廣泛危害農(nóng)作物的重要病原物，而植物檢疫性線蟲的入侵不僅會危及生態(tài)系統(tǒng)的穩(wěn)定性，且對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)安全和農(nóng)產(chǎn)品進出口貿(mào)易造成嚴重威脅。線蟲種類的準確鑒定在檢疫中地位很重要，而傳統(tǒng)形態(tài)學鑒定方法具有一定局限性，因此，具有快速、準確、標準化特點的DNA條形碼技術(shù)受到日益關(guān)注，這種方法可利用特定分子標記的序列差異鑒定物種，并可建立數(shù)據(jù)共享的全球通用分類鑒定工具與平臺。
　　本文篩選了GenBank中根結(jié)線蟲屬（Meloidog

2、yne）核糖體DNA(rDNA)的四個不同分子片段的序列，利用遺傳距離法和系統(tǒng)進化學方法評價其作為根結(jié)線蟲DNA條形碼標記的可行性。結(jié)果顯示:28S(D2/D3)、18S、ITS和IGS2的核酸序列種內(nèi)平均遺傳距離分別為0.0043、0.0027、0.024和0.0014，種間平均遺傳距離分別為0.074、0.036、0.156和0.588。由于屬內(nèi)近緣種的影響，各分子標記的種內(nèi)、種間遺傳距離均有一定的重疊;基于K2P模型構(gòu)建的NJ(N

3、eighbour-Joining)系統(tǒng)發(fā)育樹顯示，28S(D2/D3)區(qū)具有相對較高的物種識別率，且有一定的遺傳距離間隔，可以作為根結(jié)屬線蟲候選DNA條形碼標記。
　　對根結(jié)線蟲屬6個種26個群體的線粒體DNACOI片段和19個群體的核糖體DNA28S(D2/D3)片段進行擴增和測序，嘗試驗證其作為DNA條形碼在根結(jié)屬線蟲中的應(yīng)用可行性。結(jié)果表明，COI序列的種內(nèi)、種間遺傳變異之間存在較高重疊，其適用性需進一步探究;而28S(D2

4、/D3)序列的種內(nèi)、種間遺傳變異之間存在部分重疊，但存在一定的遺傳距離間隔。聚類分析顯示除南方根結(jié)線蟲(M.incognita)、爪哇根結(jié)線蟲(M.javanica)和花生根結(jié)線蟲(M.arenaria)這三個近緣種之間難以有效鑒別外，對于根結(jié)屬線蟲大多數(shù)種類均能有效區(qū)分。由于28S(D2/D3)分子片段的長度合適，擴增和測序成功率高，物種區(qū)分能力良好，種內(nèi)遺傳變異明顯小于種間遺傳變異，因此可作為根結(jié)屬線蟲DNA條形碼研究的理想標記。<

5、br>　　初步評估基于GenBank的28S(D2/D3)序列作為我國進境檢疫性線蟲DNA條形碼標記的適用性，結(jié)果顯示:來自15個屬56種植物檢疫線蟲的序列種內(nèi)遺傳距離與屬內(nèi)種間遺傳距離變異之間存在小部分的重疊，但種內(nèi)遺傳距離94.8％小于0.02、種間遺傳距離95.6％大于0.02，具有一定的“Barcodinggap”間隔區(qū)，構(gòu)建的NJ系統(tǒng)發(fā)育樹顯示，56種植物檢疫線蟲按照所屬分類階元，以較高支持率分化成小桿目、矛線目、三矛目三個獨