刺參消化道及養(yǎng)殖環(huán)境細(xì)菌多樣性分析及一株新菌株的鑒定.pdf

1、刺參養(yǎng)殖作為北方環(huán)渤海地區(qū)的新興的經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)，池塘養(yǎng)殖是其主要的養(yǎng)殖模式，而傳統(tǒng)的養(yǎng)參模式中其生長環(huán)境易受外界影響，池塘底泥和刺參消化道中菌群的變化易引起刺參病害的發(fā)生，我們旨在通過研究不同季節(jié)刺參腸道及刺參養(yǎng)殖池底泥中菌系多樣性及變化為刺參養(yǎng)殖中的病害防治提供參考。
　　通過純培養(yǎng)在一年中分四次取樣，從刺參腸道和刺參養(yǎng)殖池底泥中分離出共151株海洋菌株，其中腸道菌72株，養(yǎng)殖池塘底泥79株，發(fā)現(xiàn)新菌種5株，拮抗菌株1株，通過構(gòu)建系

2、統(tǒng)發(fā)育樹對刺參腸道及養(yǎng)殖環(huán)境底泥多樣性進(jìn)行研究。結(jié)果顯示:分離的菌株分屬Neptuniibacter、Pseudoalteromonas、Dietzia、Ferrimonas、Salegentibacter等31個(gè)屬;通過TCBS基礎(chǔ)性篩選后發(fā)現(xiàn)弧菌屬在刺參腸道中有32株，底泥中28株，是刺參腸道和底泥環(huán)境中的第一大優(yōu)勢菌屬，其數(shù)量隨著時(shí)間變化呈上升趨勢。
　　宏基因組學(xué)為生境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和。它包含了可培養(yǎng)的和未可培

3、養(yǎng)的微生物的基因。利用宏基因組學(xué)的方法取一份樣品進(jìn)行處理，使用PowerSoil DNA Isolation kit提取泥樣中的DNA，對剩余底泥進(jìn)行富集，間隔5、7、9天用可培養(yǎng)法分離純化富集樣品中的可培養(yǎng)菌株并提取富集底泥樣品DNA。通過高通量測序獲得土壤樣品中的所有微生物的16S基因片段，利用生物信息學(xué)的方法處理構(gòu)建數(shù)據(jù)庫。四份樣品共獲得70000余條序列，其中優(yōu)質(zhì)序列58000余條;序列長度多分布在480bp至520bp之間;以

4、相似度97％為標(biāo)準(zhǔn)，將序列歸為10575個(gè)操作分類單元(OTU);繪制了樣品的稀釋曲線、豐度分布曲線，進(jìn)行了Alpha多樣性分析，用以評(píng)估樣品的豐度并比較了樣品間各個(gè)種群之間的豐度差異;基于群落結(jié)構(gòu)分析，對樣品進(jìn)行了單樣品物種分布、多樣品物種分布、含進(jìn)化關(guān)系的物種豐度、聚類分析以及Beta多樣性分析等幾個(gè)項(xiàng)目的研究。全面的分析了刺身養(yǎng)殖池底泥中的物種多樣性豐度及菌落構(gòu)成。
　　在對刺身養(yǎng)殖池底泥微生物多樣性研究過程中，基于16S

5、rRNA基因序列分析，從底泥樣品中分離的菌株C4為冷單胞菌科（Psychromonadaceae）的新屬新種，冷單胞菌科具有嗜冷或者耐寒的特性。C4在2216E培養(yǎng)基上為米白色菌落，兼性厭氧，產(chǎn)酸，具有鞭毛，含有運(yùn)動(dòng)性。新菌DNA的G+C含量為49.3％，最適生長條件為:溫度28-30℃，pH6.5-7.2，鹽度2-3％。細(xì)胞主要脂肪酸為summedfeature3(16∶1ω7c/16∶1ω6c),suminfeature3(16∶1