結球白菜結球期葉片的表達序列標簽及基因表達分析.pdf

1、結球白菜(Brassica rapa L. ssp.pekinensis)原產于我國,是中國北方地區(qū)的重要蔬菜之一.在長期的自然進化和人工選擇的共同作用下,形成了以貯藏營養(yǎng)物質為功能器官的葉球.研究葉球的形成過程無疑對于提高大白菜的產量和品質有著重要的意義.目前有關結球機理的研究在國際范圍內仍然處于起步階段.為了從基因組水平了解結球期葉片的基因表達情況,實驗室先前構建了結球白菜結球前期包心葉和球葉cDNA文庫,通過對文庫的進一步處理和分

2、析,我們獲得了以下主要結果:利用λZipLox噬菌體侵染寄主菌DH10B,完成了cDNA文庫中2967個陽性噬菌體克隆向質?？寺〉霓D變,并完成全部轉化菌的質粒提取工作.利用DNAStar軟件中的SeqmanⅡ模塊對2372條EST序列進行片段重疊群(contig)分析,共計獲得1641個不同的片段重疊群,所有contig全長為782616bp,平均長度為477 bp.利用blastx程序,在蛋白質水平上與登錄在NCBI非冗余蛋白質數據庫

3、(nr)中的序列進行比對后發(fā)現(xiàn),1232個contig即1810條EST在數據庫中可以找到同源物,占有效EST總數的76.3％.物種來源上看,雖然功能已知的同源蛋白質中,來自擬南芥的占有絕大多數,但與est others數據庫進行比對后,同源性最高的EST中只有51%來自擬南芥.同源物功能已知部分參照擬南芥研究中的方法,根據其同源蛋白的生物學作用或生化功能分類,發(fā)現(xiàn)參與蛋白質合成的基因數量最多(22.5%),其次是參與能量代謝(15.7

4、%)、細胞防衛(wèi)(12.2%)、信號轉導(7.1%)、細胞結構(6.9%)、初級代謝(6.6%)、蛋白質修飾和加工儲藏(6.4%)等途徑的基因.通過提高反應混合物中引物和dNTP的濃度,對cDNA的全面擴增技術(PolyAPCR)作了進一步的優(yōu)化.分析雜交結果,發(fā)現(xiàn)152個雜交點在蓮座期與結球中期葉片中表達量上有較明顯差異,其中94個為候選結球期上調表達類型,其余58個為結球期候選下調表達類型.功能已知部分的候選基因中,表達水平上調部分主