全基因組關(guān)聯(lián)分析-生物信息學(xué)與智能信息處理2018年學(xué)術(shù)會(huì)議

1、生物信息學(xué)中的不確定性和分類問題,鄒 權(quán) (博士、副教授)廈門大學(xué)數(shù)據(jù)挖掘?qū)嶒?yàn)室http://datamining.xmu.edu.cn/~zq,提綱,生物信息學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)的關(guān)系一些生物信息學(xué)中的分類問題microRNA識(shí)別蛋白質(zhì)功能預(yù)測基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析全基因組關(guān)聯(lián)分析總結(jié),生物信息學(xué),人類基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)存儲(chǔ)---數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)分析---數(shù)據(jù)挖掘Olson M V. Human genetics: Dr Watso

2、n's base pairs[J]. Nature, 2008, 452(7189): 819-820.HapMap計(jì)劃 /1000 Genome計(jì)劃大數(shù)據(jù),生物信息學(xué)中的我國計(jì)算機(jī)學(xué)者,算法階段(1990-2000)朱大銘、姜濤、卜東波標(biāo)注階段(2000-2008)王曉龍、朱小燕等系統(tǒng)分析階段(2008-2013)李衍達(dá)、張學(xué)工等大規(guī)模數(shù)據(jù)處理階段(2010-now)華大基因,一些生物信息學(xué)中的分類問題,m

3、icroRNA識(shí)別蛋白質(zhì)功能預(yù)測基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析全基因組關(guān)聯(lián)分析,microRNA識(shí)別,2006年諾貝爾獎(jiǎng)---RNA干擾機(jī)制CCCCUCUAUUCACAAUUGUUUGGAACUCAGUUUUGUGAUUAUUCUAUCAUUGCCAGGGAGUUUGUGUGGUUGCAUCAGGGG,microRNA分類相關(guān)論文,Chenghai Xue, Fei Li, Tao He, Guo-Ping Liu, Yanda Li,

4、Xuegong Zhang. Classification of real and pseudo microRNA precursors using local structure-sequence features and support vector machine. BMC Bioinformatics. 2005.6:310 (google scholar引用271次，截至2014.8.2)Peng Jiang, Haona

5、n Wu, Wenkai Wang, Wei Ma, Xiao Sun, Zuhong Lu. MiPred: classification of real and pseudo microRNA precursors using random forest prediction model with combined features. Nucleic Acids Research. 2007,35:W339-W344 (google

6、 scholar引用239次，截至2014.8.2)Leyi Wei, Minghong Liao, Yue Gao, Rongrong Ji, Zengyou He, Quan Zou. Improved and promising identification of human microRNAs by incorporating a high-quality negative Set. IEEE/ACM Transaction

7、s on Computational Biology and Bioinformatics. 2014, 11(1):192-201,microRNA與疾病的關(guān)系,圖挖掘相似度度量、不確定性參考文獻(xiàn)Jiang Q, Hao Y, Wang G, et al. Prioritization of disease microRNAs through a human phenome-microRNAome network[J].

8、BMC Systems Biology, 2010, 4(Suppl 1): S2.Xuan P, Han K, Guo M, et al. Prediction of microRNAs associated with human diseases based on weighted k most similar neighbors[J]. PloS one, 2013, 8(8): e70204.,一些生物信息學(xué)中的分類問題,mi

9、croRNA識(shí)別蛋白質(zhì)功能預(yù)測基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析全基因組關(guān)聯(lián)分析,蛋白質(zhì)功能預(yù)測,問題輸入：蛋白質(zhì)序列，進(jìn)行聚類、分類特殊蛋白識(shí)別---不平衡分類亞細(xì)胞定位-----多類分類酶和多功能酶---多類，少量多標(biāo)記功能預(yù)測------多示例、多標(biāo)記二級(jí)結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域-----標(biāo)注、HMM難點(diǎn)特征提取分類器,一些生物信息學(xué)中的分類問題,microRNA識(shí)別蛋白質(zhì)功能預(yù)測基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析全基因組關(guān)聯(lián)分析,基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析

10、,,14/57,,聚類,,分類,雙聚類,一些生物信息學(xué)中的分類問題,microRNA識(shí)別蛋白質(zhì)功能預(yù)測基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析全基因組關(guān)聯(lián)分析,全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS),GWAS,難點(diǎn)高維小樣本SNP-SNP相互作用結(jié)果的可解釋性前景疾病的遺傳機(jī)理遺傳育種（作物、養(yǎng)殖）,總結(jié),機(jī)器學(xué)習(xí)在尋找生物信息學(xué)應(yīng)用---分類、聚類、降維、不確定性結(jié)果的解釋和驗(yàn)證生物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證文獻(xiàn)驗(yàn)證生物信息學(xué)在尋找機(jī)器學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)量在增大統(tǒng)