dna簡單重復(fù)序列基因分型的新方案

1、DNA簡單重復(fù)序列基因分型的新方案摘要：隨著大規(guī)模測序技術(shù)的不斷發(fā)展，測序成本降低，各種生物的基因組序列已逐步完善，重測序工作成為基因多態(tài)性研究中非常重要的方法。它可以比較全面地描述基因的復(fù)雜性和多樣性，廣泛應(yīng)用于多種疾病的檢測和鑒定等。但是，當(dāng)重測序過程中遇到簡單重復(fù)序列時(shí)，往往會(huì)出現(xiàn)峰譜圖的滑移現(xiàn)象，使測序結(jié)果不準(zhǔn)確。本研究利用熒光標(biāo)記引物定向擴(kuò)增包含重復(fù)序列的片段，結(jié)合ABI377DNA自動(dòng)測序儀進(jìn)行檢測重復(fù)單位，結(jié)果表明，該方法

2、可以準(zhǔn)確無誤的檢測出重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)，是對重測序工作中的重復(fù)序列分型技術(shù)的一項(xiàng)重要補(bǔ)充。關(guān)鍵詞：重復(fù)序列；重測序；熒光標(biāo)記引物；ABI377DNA自動(dòng)測序儀中圖分類號：Q812文獻(xiàn)標(biāo)識碼：A文章編號：16740432（2013）0400613基金項(xiàng)目：國家自然科學(xué)基金（30771191）0引言全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測序，并在此基礎(chǔ)上對個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。當(dāng)前，“重測序”在動(dòng)植物育種研究廣泛應(yīng)用

3、。據(jù)了解，研究人員運(yùn)用新一代測序技術(shù)對17株野生大豆和14株栽培大豆進(jìn)行了全基因組重測序，完成世界上首次對野生大豆和栽培大豆全基因組進(jìn)行大規(guī)模遺傳多態(tài)性的分析。另外，科片段，進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳，結(jié)合測序技術(shù)驗(yàn)證，探索了一種簡單、快速鑒定個(gè)體間重復(fù)序列差異的方法，不失為一種準(zhǔn)確性高，重復(fù)性好的重測序?qū)嶒?yàn)方法。1材料和方法1.1材料1.1.1樣本11個(gè)不同地區(qū)中國野生小家鼠DNA樣本（嘉定3，崇明41，崇明31，崇明25，松江5，金山7

4、，金山11，金山13，南匯，浦東5，浦東3）以及1個(gè)實(shí)驗(yàn)室小家鼠品系C57BL6J（九亭實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心購買）樣本DNA。1.1.2引物合成用于擴(kuò)增特異區(qū)段的PCR引物序列如表1所示。熒光引物YG所帶熒光為藍(lán)色，擴(kuò)增片段內(nèi)含4堿基的重復(fù)序列，熒光引物lan所帶熒光為藍(lán)色，擴(kuò)增含單堿基重復(fù)序列的野生小鼠樣本，熒光引物lv所帶熒光為綠色，擴(kuò)增含單堿基重復(fù)序列的實(shí)驗(yàn)室對照小鼠樣本。由上海生工有限公司合成。1.2方法1.2.1DNA抽提采用酚氯仿法

5、抽提小鼠DNA，依照酚氯仿抽提實(shí)驗(yàn)說明書。1.2.2PCR擴(kuò)增反應(yīng)PCR反應(yīng)體系（10ul）包括：ddH2O5.3ul，10PCRbuffer（含15mMMg2）1ul，25mMMg20.6ul（3mM），dNTPmix（各2mM）1ul，primer1ul（濃度0.02mM），HotStarTaqDNAPolymerase（5unitsul），0.1ul，TemplateDNA1ul（3～5ngul）。試劑由上海生工有限公司提供。PC