dna簡單重復(fù)序列基因分型的新方案

1、DNA簡單重復(fù)序列基因分型的新方案摘要：隨著大規(guī)模測序技術(shù)的不斷發(fā)展，測序成本降低，各種生物的基因組序列已逐步完善，重測序工作成為基因多態(tài)性研究中非常重要的方法。它可以比較全面地描述基因的復(fù)雜性和多樣性，廣泛應(yīng)用于多種疾病的檢測和鑒定等。但是，當重測序過程中遇到簡單重復(fù)序列時，往往會出現(xiàn)峰譜圖的滑移現(xiàn)象，使測序結(jié)果不準確。本研究利用熒光標記引物定向擴增包含重復(fù)序列的片段，結(jié)合ABI377DNA自動測序儀進行檢測重復(fù)單位，結(jié)果表明，該方法

2、可以準確無誤的檢測出重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)，是對重測序工作中的重復(fù)序列分型技術(shù)的一項重要補充。關(guān)鍵詞：重復(fù)序列；重測序；熒光標記引物；ABI377DNA自動測序儀中圖分類號：Q812文獻標識碼：A文章編號：16740432（2013）0400613基金項目：國家自然科學基金（30771191）0引言全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序，并在此基礎(chǔ)上對個體或群體進行差異性分析。當前，“重測序”在動植物育種研究廣泛應(yīng)用

3、。據(jù)了解，研究人員運用新一代測序技術(shù)對17株野生大豆和14株栽培大豆進行了全基因組重測序，完成世界上首次對野生大豆和栽培大豆全基因組進行大規(guī)模遺傳多態(tài)性的分析。另外，科片段，進行聚丙烯酰胺凝膠電泳，結(jié)合測序技術(shù)驗證，探索了一種簡單、快速鑒定個體間重復(fù)序列差異的方法，不失為一種準確性高，重復(fù)性好的重測序?qū)嶒灧椒ā?材料和方法1.1材料1.1.1樣本11個不同地區(qū)中國野生小家鼠DNA樣本（嘉定3，崇明41，崇明31，崇明25，松江5，金山7

4、，金山11，金山13，南匯，浦東5，浦東3）以及1個實驗室小家鼠品系C57BL6J（九亭實驗動物中心購買）樣本DNA。1.1.2引物合成用于擴增特異區(qū)段的PCR引物序列如表1所示。熒光引物YG所帶熒光為藍色，擴增片段內(nèi)含4堿基的重復(fù)序列，熒光引物lan所帶熒光為藍色，擴增含單堿基重復(fù)序列的野生小鼠樣本，熒光引物lv所帶熒光為綠色，擴增含單堿基重復(fù)序列的實驗室對照小鼠樣本。由上海生工有限公司合成。1.2方法1.2.1DNA抽提采用酚氯仿法

5、抽提小鼠DNA，依照酚氯仿抽提實驗說明書。1.2.2PCR擴增反應(yīng)PCR反應(yīng)體系（10ul）包括：ddH2O5.3ul，10PCRbuffer（含15mMMg2）1ul，25mMMg20.6ul（3mM），dNTPmix（各2mM）1ul，primer1ul（濃度0.02mM），HotStarTaqDNAPolymerase（5unitsul），0.1ul，TemplateDNA1ul（3～5ngul）。試劑由上海生工有限公司提供。PC