甲型流感病毒HA基因的簡單重復(fù)序列分布的信息分析.pdf

1、簡單重復(fù)序列(simple sequence repeat,SSR)的生物信息學(xué)分析是研究基因組進(jìn)化、蛋白質(zhì)功能以及遺傳和環(huán)境相互作用等課題中一個的重要環(huán)節(jié)。相關(guān)研究表明,簡單重復(fù)序列(SSR)在大多數(shù)真核生物的基因組中是普遍存在的,且重復(fù)次數(shù)因物種而不同。SSRs具有很高的可變性、顯著的多態(tài)性和相對保守性的側(cè)翼序列,一般為共顯性遺傳,其種類和數(shù)量還可能對翻譯活動的水平產(chǎn)生影響,并且與基因組的進(jìn)化相關(guān)。SSRs高度的可變性可能是在DNA

2、復(fù)制、修復(fù)或重組過程中鏈的滑移錯配引起的。隨著研究的深入,發(fā)現(xiàn)SSRs能夠影響生物體中染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、基因活性的調(diào)控、DNA的重組及錯配修復(fù)系統(tǒng),并在生物的進(jìn)化過程中起著非常重要的作用。近年來,對于流感病毒的相關(guān)研究不少,涉及基因組學(xué)、蛋白組學(xué)、流行病學(xué)等諸多領(lǐng)域,但對于不同宿主的甲流病毒基因組中簡單重復(fù)序列的相關(guān)研究卻未見報道。本文對甲流病毒基因組中簡單重復(fù)序列進(jìn)行了生物統(tǒng)計分析,探索甲流病毒基因組中簡單重復(fù)序列的分布規(guī)律以及產(chǎn)生分布規(guī)

3、律變化的因?yàn)椤?br>　　 流行性感冒是由流感病毒(influenza virus,IV)所引起的一種流行性疾病。流感病毒屬正粘液病毒科,流感病毒屬,包括甲、乙、丙三型,其中以甲型流感病毒所引起的流行性感冒危害最大。本文從編碼血凝素(Hemagglutinin,HA)的基因作為研究對象入手,用生物統(tǒng)計學(xué)方法對其基因序列中SSRs進(jìn)行分析。分析結(jié)果表明,甲流HA核苷酸序列中SSRs的分布存在一定的規(guī)律性,其相對豐度值與相對密度值存在很高

4、的相似性,這些高相對豐度值和高相對密度值表明SSRs可能與HA基因極易發(fā)生點(diǎn)突變相關(guān)。其中的一些序列顯示出對一些普遍出現(xiàn)的SSRs和一些較長SSRs的偏好性。我們推斷,甲流HA序列可能對富含腺嘌呤(Adenine,A)堿基的重復(fù)單元具有一定的堿基偏好性。而SSRs越長,它整體重復(fù)單元的突變率可能越高,而穩(wěn)定性也可能會越低。這可能是越長的SSRs所承受的環(huán)境選擇壓力越大和突變結(jié)果的穩(wěn)定性越低導(dǎo)致了不可能在較小的HA序列中出現(xiàn)超長的SSRs