浸礦微生物群落基因組芯片的構建與評估及其在酸性環(huán)境中的應用.pdf

1、中南大學碩士學位論文浸礦微生物群落基因組芯片的構建與評估及其在酸性環(huán)境中的應用姓名：陳棋炯申請學位級別：碩士專業(yè)：微生物學指導教師：劉學端20080501碩士學位論文摘要本文構建并評估適用于菌種鑒定與群落分析的群落基因組芯片。CGA是用51株純培養(yǎng)微生物的整個DNA基因組構建的，根據可培養(yǎng)的微生物來研究環(huán)境微生物群落。此方法類似于反向樣品基本組探針法(RSGP)，RSGP法是一種利用基因組DNA雜交來鑒定微生物的方法。為了確定此種類型芯

2、片在研究環(huán)境微生物多樣性的潛在作用，我們就其雜交特異性、檢測靈敏度和定量性能進行了研究。在特定實驗條件下，CGA的特異性實驗表明目的DNA與同種細菌存在特異性雜交，同屬之間不存在非特異性雜交，即CGA可區(qū)分屬內菌種的染色體基因組。對于標記的純培養(yǎng)基因組DNA，CGA的檢測靈敏度大約為02ng，對于混合培養(yǎng)物，檢測靈敏度大約為5ng。對于純培養(yǎng)微生物，CGA具有定量特性，實驗表明在O2ng至2000ng的一定濃度范圍內，DNA量與雜交信號

3、強度之間存在明顯的線性關系(產=O985)。當將來自與五種微生物的基因組DNA以不同濃度混合并選取五個濃度梯度進行雜交實驗，DNA量與雜交信號強度之間顯著相關(r2095)。使用CGA分別雜交AMD環(huán)境樣品與生物浸出系統(tǒng)樣品，雜交結果顯示CGA可以有效分辨兩者之間微生物群落結構的差異性。CGA表明基因組芯片技術可以根據微生物基因型的變異應用于確定微生物群落的特性。評估微生物的群落組成和結構要求對單個目的種群進行定量分析，通過檢測標記的目