基于基因表達譜的癌癥干細胞調(diào)控基因的識別研究.pdf

1、癌癥干細胞假說認為癌癥干細胞是癌癥異常增殖、侵襲、轉(zhuǎn)移、耐藥以及復發(fā)等的根源。本文基于這個假說，分析四種癌癥的基因和miRNAs混合表達數(shù)據(jù)，挖掘與癌癥干細胞相關的關鍵調(diào)控基因。
　　首先本研究利用分類算法將746個乳腺癌樣本中的18409個基因和1035個miRNAs劃分到不同的共表達模塊中;并與胚胎干細胞和間充質(zhì)干細胞的相關數(shù)據(jù)庫做富集度分析，得到兩個大小分別為2019和859且與上述兩類干細胞相關的基因集。另外對膠質(zhì)母細胞瘤

2、、低等級的腦膠質(zhì)瘤和肺癌的混合表達數(shù)據(jù)重復上述過程，最終得到178個與胚胎干細胞相關的基因和7個與間充質(zhì)干細胞相關的基因。
　　其次通過比對這兩個基因集在GSE29625和GSE28974數(shù)據(jù)中的表達方式，進一步驗證了兩個基因集與兩類干細胞的相關性。另外發(fā)現(xiàn)由178個基因組成的與胚胎干細胞相關的基因集參與由轉(zhuǎn)錄因子E2F介導的轉(zhuǎn)錄過程。
　　最后通過構建這兩個基因集的調(diào)控網(wǎng)絡，在乳腺癌中篩選出兩個胚胎干細胞的特異性關鍵基因T