多細胞系選擇性啟動子的預測與分析.pdf

1、選擇性啟動子經(jīng)常性的被發(fā)現(xiàn)在各種各樣的細胞環(huán)境和組織類型中，這增加了研究人類基因轉錄調控的復雜程度。識別選擇性啟動子，并對它們在不同的組織中的活動進行注釋是理解人類基因和轉錄調控性能的重大挑戰(zhàn)。為了識別不同細胞系中的選擇性啟動子，研究了7種細胞系（A549，Gm12878，H1hesc，Helas3，Hepg2，Huvec，K562）RNA聚合酶II的ChIP-seq實驗數(shù)據(jù)，并訓練出了這些啟動子轉錄起始位點上下游共10000bps的R

2、NA聚合酶II的分布模式，利用粒子群算法對該模式的參數(shù)作最大似然估計。對各細胞系表達基因進行啟動子搜索，結果發(fā)現(xiàn)38％~46%的表達基因存在選擇性啟動子，啟動子的選擇性啟動在基因表達水平上起重要調控作用，對基因組特征作分析發(fā)現(xiàn)80%~90%的啟動子是CpG-rich的。分析轉錄因子PolR2A在7個細胞系中的結合位點，以及55種轉錄因子在細胞系Heles3中的結合情況，發(fā)現(xiàn)轉錄因子在轉錄起始位點上下游具有結合偏好性并且轉錄因子之間可能形