多細(xì)胞系選擇性啟動(dòng)子的預(yù)測(cè)與分析.pdf

1、選擇性啟動(dòng)子經(jīng)常性的被發(fā)現(xiàn)在各種各樣的細(xì)胞環(huán)境和組織類型中，這增加了研究人類基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的復(fù)雜程度。識(shí)別選擇性啟動(dòng)子，并對(duì)它們?cè)诓煌慕M織中的活動(dòng)進(jìn)行注釋是理解人類基因和轉(zhuǎn)錄調(diào)控性能的重大挑戰(zhàn)。為了識(shí)別不同細(xì)胞系中的選擇性啟動(dòng)子，研究了7種細(xì)胞系（A549，Gm12878，H1hesc，Helas3，Hepg2，Huvec，K562）RNA聚合酶II的ChIP-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，并訓(xùn)練出了這些啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上下游共10000bps的R

2、NA聚合酶II的分布模式，利用粒子群算法對(duì)該模式的參數(shù)作最大似然估計(jì)。對(duì)各細(xì)胞系表達(dá)基因進(jìn)行啟動(dòng)子搜索，結(jié)果發(fā)現(xiàn)38％~46%的表達(dá)基因存在選擇性啟動(dòng)子，啟動(dòng)子的選擇性啟動(dòng)在基因表達(dá)水平上起重要調(diào)控作用，對(duì)基因組特征作分析發(fā)現(xiàn)80%~90%的啟動(dòng)子是CpG-rich的。分析轉(zhuǎn)錄因子PolR2A在7個(gè)細(xì)胞系中的結(jié)合位點(diǎn)，以及55種轉(zhuǎn)錄因子在細(xì)胞系Heles3中的結(jié)合情況，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上下游具有結(jié)合偏好性并且轉(zhuǎn)錄因子之間可能形