基于mRNA等融合特征的單定位和多定位細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè).pdf

1、隨著生物信息學(xué)的飛速發(fā)展，出現(xiàn)了大量的未知功能的蛋白質(zhì)序列，其中細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)得到研究人員越來(lái)越多的關(guān)注。在生命體中，細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)的異?？赡軐?dǎo)致多種疾病的發(fā)生。這些蛋白質(zhì)的功能與它們?cè)诩?xì)胞中的位置緊密相關(guān)，因此，準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)出細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞位置能更好的了解其功能。
　　本文構(gòu)建了新的細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集，其中包含單定位數(shù)據(jù)集、多定位數(shù)據(jù)集以及以單定位為標(biāo)準(zhǔn)的含mRNA信息的mRNA-蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集。在單定位預(yù)測(cè)中，通過(guò)特征篩

2、選提取了氨基酸物理化學(xué)特性、氨基酸粘性特征和進(jìn)化信息，并結(jié)合了兩種mRNA信息:三閱讀框3-mer mRNA序列頻數(shù)信息、mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)-序列模式信息，最后將各特征信息融合，利用支持向量機(jī)的算法，對(duì)四種不同亞細(xì)胞位置的細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)。研究發(fā)現(xiàn)融合mRNA信息后預(yù)測(cè)效果更佳，在Jackknife檢驗(yàn)下預(yù)測(cè)總精度達(dá)到82.18％，且獨(dú)立測(cè)試集預(yù)測(cè)總精度達(dá)到78.26％。結(jié)果表明，mRNA的序列和結(jié)構(gòu)特性有助于提高細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)的亞