基于同源建模的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法的研究.pdf

1、獲取蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能是生物學(xué)研究的重要目的之一，但是使用X光晶體衍射和核磁共振技術(shù)等實(shí)驗(yàn)手段測(cè)定蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，以及使用生物化學(xué)方法研究蛋白質(zhì)的功能時(shí)效率不高，已經(jīng)無(wú)法適應(yīng)蛋白質(zhì)序列飛速增長(zhǎng)的需要。在生物信息學(xué)中，通過(guò)利用結(jié)構(gòu)已知的蛋白質(zhì)家族成員（模板）預(yù)測(cè)新序列的結(jié)構(gòu)可以建立序列與相應(yīng)結(jié)構(gòu)和功能之間的聯(lián)系，從而用較低的成本和較短的時(shí)間預(yù)測(cè)出蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能。
　　本文主要研究?jī)?nèi)容是給定一個(gè)蛋白質(zhì)序列，通過(guò)采用同源建模的方法

2、最終預(yù)測(cè)出該蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)。這個(gè)過(guò)程包括以下幾個(gè)部分：目標(biāo)模板的識(shí)別、查詢序列和目標(biāo)序列的排列、構(gòu)建模型和模型的結(jié)構(gòu)合理性評(píng)估。其中的目標(biāo)模板的識(shí)別是通過(guò)局部對(duì)比排列搜索工具BLAST完成的，構(gòu)建模型是通過(guò)建模軟件包MODELLER完成的，結(jié)構(gòu)合理性評(píng)估是通過(guò)軟件包PROCHECK來(lái)完成的。另外，在整個(gè)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)過(guò)程中，查詢序列和目標(biāo)序列的排列對(duì)于最終的建模影響最大，因此提高這個(gè)過(guò)程的排列精度，對(duì)整個(gè)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)過(guò)程都有很重

3、要的作用。
　　本文的研究重點(diǎn)是如何提高查詢序列和目標(biāo)序列的排列精度。目前對(duì)于預(yù)測(cè)一個(gè)新序列的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的各種方法中，大多存在這樣的問(wèn)題：在對(duì)一個(gè)新序列構(gòu)建模型的過(guò)程中，生成的查詢序列和目標(biāo)序列的排列不夠準(zhǔn)確，進(jìn)而影響了最終預(yù)測(cè)出來(lái)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)確性。鑒于此，這部分主要研究了以下三個(gè)方面的內(nèi)容：在生成查詢序列和目標(biāo)序列的過(guò)程中所使用的profile-profile方法，針對(duì)profile-profile方法中profile中出現(xiàn)