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1、Zakery2016年5月26日,如何在phytozome中找物種同源基因并用DNAman比對(duì)序列,首先到phytozome網(wǎng)站上選擇你要找的物種,比如水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice),,點(diǎn)擊BLAST search,在target type中選擇proteome,把氨基酸序列復(fù)制到BLAST框中,點(diǎn)GO,,這是結(jié)果,得分越高說(shuō)明同源性越高,點(diǎn)擊第一個(gè)前面字母G,得到如圖可以看到CDS sequence和Pep
2、tide equence,把基因名和CDS序列如圖復(fù)制到記事本,把txt格式改為SEQ格式(直接更改擴(kuò)展名),接下來(lái)就是用DNAman分析了,選擇輸入序列,,,,,,選擇序列文件所在位置,,,注意輸入的序列是DNA或者是蛋白質(zhì)序列,打勾相應(yīng)的選項(xiàng),,然后一直點(diǎn)擊下一步,,選項(xiàng)不需要修改,默認(rèn)就行,,選項(xiàng)不需要修改,默認(rèn)就行,,選項(xiàng)不需要修改,默認(rèn)就行,,,注意,由于是用了免費(fèi)的版本,它會(huì)在這里加上了一段標(biāo)記,手工去除它.,,序列前面一般
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