優(yōu)化kozac序列

1、SD序列（ShineDalgarnosequence）：mRNA中用于結(jié)合原核生物核糖體的序列。SD序列：在細(xì)菌mRNA起始密碼子AUG上游10個(gè)堿基左右處，有一段富含嘌呤的堿基序列，能與細(xì)菌16SrRNA3’端識(shí)別，幫助從起始AUG處開始翻譯。在原核生物中核糖體中與mRNA結(jié)合位點(diǎn)位于16SrRNA的3’端mRNA中與核糖體16SrRNA結(jié)合的序列稱為SD序列(SDsequence)它是1974年由J.Shine和L.Dalgarno

2、發(fā)現(xiàn)的故此而命名。SD序列是mRNA中5’端富含嘌呤的短核苷酸序列一般位于mRNA的起始密碼AUG的上游3至11個(gè)核苷酸處并且同16SrRNA3’端的序列互補(bǔ)。所謂Kozak規(guī)則，即第一個(gè)ATG側(cè)翼序列的堿基分布所滿足的統(tǒng)計(jì)規(guī)律，若將第一個(gè)ATG中的堿基A，T，G分別標(biāo)為1，2，3位，則Kozak規(guī)則可描述如下：(1)第4位的偏好堿基為G；(2)ATG的5’端約15bp范圍的側(cè)翼序列內(nèi)不含堿基T；(3)在3，6和9位置，G是偏好堿基；(

3、4)除3，6和9位，在整個(gè)側(cè)翼序列區(qū)，C是偏好堿基。Kozak規(guī)則是基于已知數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)結(jié)果，不見得必須全部滿足，一般來說，滿足前兩項(xiàng)即可Kozak研究過起始密碼子ATG周邊堿基定點(diǎn)突變后對轉(zhuǎn)錄和翻譯所造成的影響，并總結(jié)出在真核生物中，起始密碼子兩端序列為：——GNCNCNANNATGG——，如GCCACCATGG、GCCATGATGG時(shí)，轉(zhuǎn)錄和翻譯效率最高，特別是3位的A對翻譯效率非常重要。該序列被后人稱為Kozak序列，并被應(yīng)用于表達(dá)

4、載體的構(gòu)建中。wrote：若我的基因要重組入腺病毒或痘苗病毒進(jìn)行表達(dá)，需要加入此序列嗎？reply：可以加入，在真核系統(tǒng)中目的基因的表達(dá)會(huì)更高。需要加入很多載體說明書上就明確寫著推薦使用kozak序列以利于表達(dá)加上后，表達(dá)的效率會(huì)高出很多倍，由于是對于哺乳動(dòng)物細(xì)胞核糖體結(jié)合效率而言。當(dāng)然，也可以不加，并不是所有真核系統(tǒng)都需要加入這么一段基因，比如桿狀病毒，具體需要看載體的啟動(dòng)子、核糖體結(jié)合位點(diǎn)和細(xì)胞種類等影響應(yīng)素的具體要求了。例如pcD

5、NA3載體建議需要加的，加入后的轉(zhuǎn)染COS1，核糖體能很快結(jié)合mRNA的此位點(diǎn)進(jìn)入表達(dá)，表達(dá)效率要比不加高10倍之多。KozaK序列指真核生物翻譯起始的共有序列(ACCATGG)即3位A和4位的G使ATG成為最佳翻譯起始信號.腺病毒在細(xì)胞核內(nèi)復(fù)制其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物mRNA需轉(zhuǎn)運(yùn)至胞漿后翻譯成為蛋白.因此，采用翻譯起始共有序列(Kozak序列)避免基因中存在出核信號序列(如Rev依賴性序列)避免過高的AT含量有助于其表達(dá)效率的提高。痘苗病毒的翻譯