使用蛋白質(zhì)和mRNA序列信息預(yù)測蛋白質(zhì)亞線粒體定位.pdf

1、線粒體是很重要的半自主性細(xì)胞器，主要為細(xì)胞提供能量，還承擔(dān)了許多其他生理功能，而線粒體的某些功能只有在特定亞線粒體位置中才能實(shí)現(xiàn)。研究亞線粒體定位能幫助我們充分了解蛋白質(zhì)的功能。本文建立了包含mRNA序列信息的亞線粒體蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集M254，計(jì)算了蛋白質(zhì)的進(jìn)化信息、同源序列的go信息、氨基酸指數(shù)信息、氨基酸粘性、氨基酸組分、平均化學(xué)位移和mRNA序列的三聯(lián)體頻數(shù)，利用支持向量機(jī)算法和離散增量算法對蛋白質(zhì)亞線粒體定位進(jìn)行預(yù)測，在jackkn

2、ife檢驗(yàn)下整體的準(zhǔn)確率達(dá)到97.64％，同時(shí)用獨(dú)立檢驗(yàn)也取得較好的結(jié)果。
　　為了進(jìn)一步找到預(yù)測亞線粒體定位更有效的特征參數(shù)，本文又構(gòu)建包含更多蛋白質(zhì)、并且具有mRNA序列的數(shù)據(jù)集M880，計(jì)算了同源序列的go信息、氨基酸指數(shù)信息、氨基酸組分、蛋白質(zhì)保守位點(diǎn)的進(jìn)化信息、mRNA序列的三聯(lián)體頻數(shù)。為了進(jìn)一步確定mRNA的作用，又從mRNA的二級結(jié)構(gòu)入手計(jì)算了考慮堿基種類的結(jié)構(gòu)-序列模式中的三聯(lián)體頻數(shù)，利用支持向量機(jī)算法在jackk