瀕危蚌類龍骨蟶蚌轉(zhuǎn)錄組特征及遺傳結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、淡水蚌類（Freshwater mussel; Unionoid bivalves）廣泛分布于北美、歐亞大陸、中美洲、非洲和東南亞，是淡水生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分之一。龍骨蟶蚌(Solenaia carinata)是雙殼綱(Bivalvia)蚌科(Unionidae)種類，為亞洲特有種，現(xiàn)生種僅分布在江西鄱陽湖流域。由于環(huán)境及人為因素的影響，龍骨蟶蚌的分布范圍已經(jīng)從歷史記載的化石種的最北到陜西縮小至鄱陽湖流域，屬于極為瀕危的種類。作者首次

2、對龍骨蟶蚌的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了高通量測序，獲得了大量的轉(zhuǎn)錄本及功能基因注釋信息，同時利用獲得的轉(zhuǎn)錄本序列開發(fā)了龍骨蟶蚌微衛(wèi)星引物，用于龍骨蟶蚌及近緣物種的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)的評估。主要結(jié)果如下：
　　1）對龍骨蟶蚌的mRNA進(jìn)行了測序，共得到141092條轉(zhuǎn)錄本，去冗余重復(fù)后得到125767條Unigenes，在NR數(shù)據(jù)庫中共注釋了26315條Unigenes，在NT數(shù)據(jù)庫中共注釋了2837條Unigenes，在KOG數(shù)據(jù)庫中共注釋了

3、10021條Unigenes，在Swissprot數(shù)據(jù)庫中共注釋了18689條Unigenes，在PFAM數(shù)據(jù)庫中共注釋了26543條Unigenes，在GO數(shù)據(jù)庫中共注釋了26888條Unigenes，在KOG數(shù)據(jù)庫中共注釋了12351條Unigeness。在七個數(shù)據(jù)庫中都注釋了的有1601條Unigenes，僅僅占總數(shù)量的1.27％。
　　2）篩選得到33對具有多態(tài)性的引物。期望雜合度（HE）范圍從0.042到0.742，平均

4、0.396。多態(tài)位點(diǎn)含量PIC范圍從0.077到0.676；經(jīng)過哈迪-溫伯格平衡的檢驗(yàn)，在33個龍骨蟶蚌微衛(wèi)星位點(diǎn)中，只有2個微衛(wèi)星位點(diǎn)外（PHW<0.05），其它均符合哈迪溫伯格平衡。
　　3）利用篩選到的19對微衛(wèi)星引物對龍骨蟶蚌三個野生地理種群進(jìn)行遺傳多樣性評估及種群遺傳結(jié)構(gòu)分析。微衛(wèi)星標(biāo)記數(shù)據(jù)顯示龍骨蟶蚌種群具有中等遺傳多樣性，各位點(diǎn)的平均觀測雜合度為0.405-0.586，平均期望雜合度為0.464-0.484。平均PI