基于反轉(zhuǎn)和刪除操作的基因組重組全解空間研究.pdf

1、比較基因組學是生物信息學的一個重要分支，計算兩個基因組之間的量化距離是比較基因組學的基本問題，常應用于構(gòu)建物種進化樹、探索基因功能、分析疾病致病原理等實踐中?；蚪M是一組染色體的集合，染色體是細胞內(nèi)具有遺傳性質(zhì)的的物體，可以視為一個基因序列。在有向基因組中，每個基因用一個帶“+”或“-”的整數(shù)表示，符號用于表示基因的方向。
　　 基因組的重組揭示了基因組改變基因排列次序的行為，在基因組重組排序問題中表述為改變基因排列次序的操作，

2、有反轉(zhuǎn)(reversal)、移位(translocation)、轉(zhuǎn)位(transposation)、反轉(zhuǎn)位(tranreversal)、插入(insertion)、刪除(deletion)、染色體分段(fission)、染色體連接(fussion)等基本形式。
　　 我們將包含多種操作形式的基因組重組排序稱為基因組的復合重組排序問題，復合重組排序問題由于更具有一般性，因而顯得更有應用價值。反轉(zhuǎn)操作已經(jīng)被廣泛承認是基因組操作中一種

3、最普遍的操作，科學研究發(fā)現(xiàn)在基因組的重組演化中，還伴有插入和刪除基因片段的事件，許多分子生物學實踐需要人們在基因組中實施插入和刪除基因片段的操作。
　　 本文首先討論了僅基于反轉(zhuǎn)操作的基因組重組全解問題，并介紹了Braga的算法框架。然后，本文對原有的經(jīng)典基因組模型進行擴展，在原有數(shù)學模型的基礎上增加待刪除基因塊用于包含臨時基因。待刪除基因塊可以隨著反轉(zhuǎn)而在基因排列的不同位置出現(xiàn)，我們在待刪除基因塊每個可能出現(xiàn)的位置都留下一個副