大腸桿菌sRNA GlmZ結(jié)構(gòu)和功能研究以及RNA解旋酶CsdA與RNA的結(jié)構(gòu)及功能研究.pdf

1、GlmZ是大腸桿菌中非編碼的小RNA。它主要參與調(diào)控glmS mRNA的翻譯表達(dá)，全長(zhǎng)207個(gè)核苷酸，并且在調(diào)控的過程中依賴分子伴侶Hfq蛋白質(zhì)。當(dāng)細(xì)菌在準(zhǔn)備分裂時(shí)，細(xì)胞中會(huì)大量合成生物膜，合成生物膜的必要條件就是需要大量的葡萄糖胺-6-磷酸(GlcN6P)，而葡萄糖胺-6-磷酸需要葡萄糖胺-6-磷酸合成酶(GlmS)的催化。基因glmS就會(huì)被激活，轉(zhuǎn)錄出glmS mRNA。大腸桿菌中g(shù)lmSmRNA的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控是通過小RNA GlmZ

2、來調(diào)控。
　　在本實(shí)驗(yàn)中，我們?cè)噲D通過SHAPE的方法研究小RNA GlmZ和RapZ蛋白質(zhì)的相互作用，希望得到它們之間具體的結(jié)合位點(diǎn)。SHAPE的全稱是Selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension，就是對(duì)2'-OH選擇性標(biāo)記，然后通過引物延伸的方法得到RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)。為了建立這種方法，我們先以tRNA作為實(shí)驗(yàn)對(duì)象，成功的進(jìn)行了摸索實(shí)驗(yàn)。從SHAPE的實(shí)

3、驗(yàn)結(jié)果可以得出tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)是經(jīng)典的三葉草模型。然而在進(jìn)一步使用SHAPE研究GlmZ的結(jié)構(gòu)以及它和RapZ的結(jié)合位點(diǎn)過程中，我們遇到了若干實(shí)驗(yàn)問題，最終未能順利完成這部分研究。同時(shí)我們還通過晶體學(xué)方法得到了RapZ蛋白質(zhì)的晶體，并且收到了2套分辨率在3A以內(nèi)的衍射數(shù)據(jù)，但是由于晶體堆積上的問題，結(jié)構(gòu)并沒有解出來。在其它研究中，我們還使用SHAPE技術(shù)研究了rox2 R2H1RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)。
　　另外，大腸桿菌中的CsdA蛋

4、白質(zhì)是一類DEAD-box RNA解旋酶，它是由629個(gè)氨基酸殘基組成的多結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)。主要功能是參與細(xì)胞內(nèi)的許多RNA有關(guān)的代謝過程，例如: RNA降解，前體mRNA的剪切，翻譯起始，核糖體的生物合成等等。在之前的實(shí)驗(yàn)工作中我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了CsdA是由兩個(gè)串聯(lián)的RecA-like組成保守的核心結(jié)構(gòu)域，一個(gè)二聚體結(jié)構(gòu)域(DD)和一個(gè)RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(RBD)以及C端的尾巴構(gòu)成，而且在二體的形態(tài)下發(fā)揮功能，并且我們已經(jīng)得到各個(gè)結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)