新生兒腸道耐藥基因調(diào)查及來(lái)源研究.pdf

1、目前，抗生素在臨床、畜牧和水產(chǎn)業(yè)廣泛的使用，導(dǎo)致環(huán)境出現(xiàn)了大量的耐藥菌(ARB)。這些耐藥菌的出現(xiàn)，增加了治療感染性疾病的難度，給疾病的預(yù)防和控制提出了新的挑戰(zhàn)。同時(shí)，耐藥菌攜帶的耐藥基因(ARGs)會(huì)通過(guò)水平轉(zhuǎn)移的方式向其他微生物轉(zhuǎn)移，導(dǎo)致敏感菌株獲得耐藥性，加快了耐藥菌的污染擴(kuò)散。通過(guò)抗生素的作用和耐藥基因的水平轉(zhuǎn)移，當(dāng)前已經(jīng)出現(xiàn)對(duì)多種抗生素耐藥的多重耐藥菌，甚至是超級(jí)耐藥菌，對(duì)人類的健康造成重大威脅。
　　人腸道包含著豐富的

2、微生物菌群，對(duì)人的營(yíng)養(yǎng)吸收及生理機(jī)能有著重要作用。隨著抗生素在臨床上的濫用，耐藥菌在人群中已經(jīng)普遍傳播。目前在人腸道中分離了多種耐藥菌，發(fā)現(xiàn)了上千種的耐藥基因，甚至在新生兒胎便中也發(fā)現(xiàn)了耐藥菌和耐藥基因。新生兒免疫系統(tǒng)發(fā)育還不夠完善，腸道中的耐藥菌能夠使抗生素失效，可能會(huì)導(dǎo)致新生兒感染甚至死亡。母親腸道菌可以通過(guò)淋巴及血液系統(tǒng)向子宮內(nèi)移位，因此，新生兒腸道菌群的定植開始于胎兒時(shí)期，新生兒娩出之后初乳以及環(huán)境微生物開始進(jìn)入新生兒腸道。影響

3、新生兒菌群早期定植的環(huán)境因素主要包括羊水、初乳和醫(yī)院空氣。如果新生兒接觸的環(huán)境含有耐藥菌，那么耐藥菌就可能伴隨正常菌群定植于新生兒腸道。目前，新生兒腸道耐藥菌及耐藥基因的來(lái)源尚不清楚，因此，需要追溯新生兒腸道耐藥菌的來(lái)源，減少新生兒腸道耐藥菌的定植，保障新生兒的健康。
　　為評(píng)估新生兒腸道耐藥菌及耐藥基因的來(lái)源，本研究采集了82對(duì)剖腹產(chǎn)母親樣品（羊水、初乳）和母乳喂養(yǎng)新生兒糞便樣品（第一次、第三天），同時(shí)采集了醫(yī)院病房空氣樣本12

4、份。本研究選取了7種耐藥基因，blaTEM、ampC、mecA屬于β-內(nèi)酰胺類，aac(6')-Ib、ermB、sul2、tetM分別屬于氨基糖苷類、大環(huán)內(nèi)酯類、磺胺類、四環(huán)素類。本研究主要從以下三個(gè)方面進(jìn)行了研究:①新生兒腸道糞便（第一次、第三天）及所接觸的環(huán)境樣品羊水、初乳和空氣耐藥基因的檢測(cè)和分析，②針對(duì)細(xì)菌16SrDNA進(jìn)行高通量測(cè)序技術(shù)分析新生兒腸道糞便（第一次、第三天）和環(huán)境樣品（羊水、初乳）菌群特點(diǎn)及關(guān)系③利用多位點(diǎn)序列分

5、析(MLST)對(duì)新生兒腸道糞便和環(huán)境樣品（初乳、空氣）中表皮葡萄球菌溯源分析。本文主要結(jié)果如下:
　　(1)新生兒第三天糞便檢測(cè)到7種耐藥基因，糞便樣品最多同時(shí)含有四種耐藥基因，占比8.5％，新生兒第一次糞便未檢測(cè)到耐藥基因。性別對(duì)新生兒腸道耐藥基因的定植沒有影響。新生兒第三天的糞便中mecA基因檢出率最高，為45.1％。blaTEM、ampC、aac(6')-Ib、ermB、sul2、tetM的檢出率分別為25.6％、28％、2

6、2％、17.1％、29.3％、20.7％。在第三天糞便樣品中，最大值分別達(dá)到1.25×109copies/g、4.19×106copies/g、7.33×109copies/g、3.87×107copies/g、1.26×106copies/g、9.76×106copies/g、2.08×106copies/g、8.98×109copies/g。
　　(2)初乳檢測(cè)到7種耐藥基因，初乳樣品最多同時(shí)含有四種耐藥基因，占比3.7％。病

7、房空氣中檢測(cè)到4種，分別為ampC、mecA、ermB、tetM，羊水中未檢測(cè)到耐藥基因。初乳中mecA檢出率最高，為36.6％，與新生兒第三天糞便一致。blaTEM、ampC、aac(6')-Ib、ermB、sul2、tetM檢出率分別為24.4％、15.9％、24.4％、17.1％、25.6％、17.1％。
　　(3)利用配對(duì)卡方檢驗(yàn)，ampC耐藥基因在糞便與母乳樣品中檢出率有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，而空氣中ampC檢出率最高，達(dá)到41.

8、7％，表明空氣是糞便ampC的重要來(lái)源。初乳和糞便中7種耐藥基因檢出結(jié)果全部有關(guān)聯(lián)，各個(gè)耐藥基因在兩組樣品中的重合率達(dá)到39.1％-66.7％，即糞便中耐藥基因來(lái)源于初乳的可能性達(dá)到39.1％-66.7％，說(shuō)明初乳中的耐藥基因通過(guò)喂食新生兒有很大一部分隨著耐藥菌在腸道內(nèi)定植下來(lái)。
　　(4)新生兒腸道菌群和環(huán)境菌群（羊水、初乳）有較大的重合。母親羊水和新生兒第一次糞便雖未檢測(cè)到可培養(yǎng)的微生物，但是通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)，鹽單胞菌屬、希

9、瓦氏菌屬、弧菌屬為其三大優(yōu)勢(shì)菌屬。初乳中鹽單胞菌、鏈球菌、葡萄球菌屬為三大優(yōu)勢(shì)菌。新生兒第三天糞便三大優(yōu)勢(shì)菌為不動(dòng)桿菌，梭菌和鹽單胞菌。羊水和新生兒第一次糞便菌群類似，二者的微生物菌群結(jié)構(gòu)并無(wú)差異，新生兒腸道菌群在胎兒時(shí)期便已經(jīng)開始定植。在新生兒娩出后，母體初乳、第一次糞便和第三天糞便菌群結(jié)構(gòu)有差異?？梢哉J(rèn)為初乳和羊水共同對(duì)新生兒腸道菌群的定植有重要影響，間接說(shuō)明初乳和羊水耐藥基因可能對(duì)新生兒腸道的垂直傳播。
　　(5)新生兒第三

10、天糞便和對(duì)應(yīng)初乳分離的表皮葡萄球菌具有較高的同源率。通過(guò)多位點(diǎn)序列分析，兩種來(lái)源的表皮葡萄球菌序列一致性達(dá)到63.4％，其中ST2型為分離最多的型別，達(dá)到34.6％。每一對(duì)表皮葡萄球菌耐藥情況和耐藥基因攜帶情況均一致，分別為同一菌株?？諝鈦?lái)源的表皮葡萄球菌序列中有三株ST2型菌株分別與3株糞便來(lái)源的表皮葡萄球菌是同一菌株，并且耐藥基因攜帶情況一致，說(shuō)明新生兒糞便耐藥基因既來(lái)自于初乳也來(lái)源于空氣。
　　綜上所述，新生兒腸道的菌群定植