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文檔簡介
1、本文對蛋白質結構和功能的計算機模擬進行了研究。主要內(nèi)容如下: 1.利用全原子分子動力學在顯式水環(huán)境中模擬了不同溫度下耐熱性鄰苯二酚雙加氧酶分子及其突變體P228S的動力學過程。通過分析與結構熵相關的多弛豫指數(shù)從微觀上揭示了兩者熱穩(wěn)定性的差異。針對TC230表面富含帶凈電菏殘基的特征,結合求解線性Poisson方程的方法得出蛋白整體靜電勢,在一定程度上闡釋了TC230依靠表面靜電勢提高蛋白質熱穩(wěn)定性的機制。 2.通過彈性網(wǎng)
2、絡模型簡單分析了霍亂毒素的柔性及預測了可能的低頻運動模式。使用全原子分子動力學模擬了霍亂毒素B子單元的結合位點的柔性,并利用FEP的方法汁算了單配體與單個B子單元在水溶液中的結合自由能,在定量上較好的與實驗結果相符。 3.利用分子動力學方法結合粗粒度的OPEP勢場對β2微球蛋白83-89片斷的聚集現(xiàn)象進行了1.6μs的模擬。對8聚體的模擬得出了明顯的β結構聚集的傾向。利用主成分分析方法及與成核相關的理論對模擬中出現(xiàn)的構型進行了分
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