蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測準(zhǔn)確率影響因素探討.pdf

1、從蛋白質(zhì)的一級序列得到其對應(yīng)的三維結(jié)構(gòu)是目前生物信息學(xué)領(lǐng)域重要的課題之一。計(jì)算機(jī)預(yù)測方法被廣泛應(yīng)用于蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的研究，其發(fā)展過程大體分為兩個階段：第一個階段以數(shù)理統(tǒng)計(jì)作為出發(fā)點(diǎn)，基于單個氨基酸信息，如Chou-Fasman和GOR（Garnier-Osguthorpe-Robson）方法；第二個階段基于進(jìn)化信息，主要利用BLAST等工具在序列數(shù)據(jù)庫中對搜索序列進(jìn)行多重比對以取得同源信息PSSM（特異位點(diǎn)打分矩陣）利用PSI-BLAS

2、T取得相應(yīng)的進(jìn)化信息PSSM。本實(shí)驗(yàn)致力于氨基酸特性對基于PSSM預(yù)測方法的改進(jìn)和預(yù)測準(zhǔn)確率的提高。
　　 以SVM（支持向量機(jī)）作為實(shí)現(xiàn)手段，在PSSM基礎(chǔ)上分別添加疏水因子和HEC（螺旋、折疊、無規(guī)則卷曲）傾向性兩種理化因子作為單個氨基酸的特征值對蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測。本實(shí)驗(yàn)還同時設(shè)計(jì)對SVM使用進(jìn)行改進(jìn)方法實(shí)現(xiàn)雙層SVM，即通過理化因子和雙層SVM工具兩種方法共同達(dá)到提高蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測準(zhǔn)確率的目的。實(shí)驗(yàn)結(jié)果經(jīng)相關(guān)系數(shù)