基于SVM的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).pdf

1、隨著生物數(shù)據(jù)的大爆發(fā)，生物序列的數(shù)量在數(shù)據(jù)庫中呈指數(shù)形式增長(zhǎng)。因此，從氨基酸序列中預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，已經(jīng)成為一個(gè)重要的研究問題。直接通過實(shí)驗(yàn)的方法確定蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，相對(duì)比較低效。對(duì)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行預(yù)測(cè)已成為生物信息學(xué)中的一個(gè)常用方法。本文圍繞蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)編碼方式和支持向量機(jī)核函數(shù)等內(nèi)容，對(duì)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)進(jìn)行了研究，具體的研究工作如下：
　?。?）給出了一種新的蛋白質(zhì)二級(jí)預(yù)測(cè)編碼方式。首先對(duì)氨基酸的理化特性進(jìn)行主

2、成分分析，提取出主要影響因素，融合成3位編碼。然后，在原有3位編碼基礎(chǔ)上加入3位氨基酸在特定二級(jí)結(jié)構(gòu)中的傾向因子。編碼完成后，使用支持向量機(jī)方法進(jìn)行預(yù)測(cè)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，改進(jìn)后的編碼方式優(yōu)于單純做主成分分析得到的3位編碼和5位編碼方式，可以有效地用于蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。
　　（2）對(duì)于蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的支持向量機(jī)算法，構(gòu)建出一種新的核函數(shù)來提高模型的魯棒性和泛化能力。通過廣義的拉蓋爾多項(xiàng)式衍生出三角拉蓋爾核函數(shù)，并比較三角拉蓋爾核