基于斑馬魚ESTs-Genome可變剪接數據庫的構建及初步數據挖掘.pdf

1、可變剪接(AS：alternative splicing)作為產生蛋白多樣性的重要方式受到越來越多研究者的關注?；诨蚪M序列和大量的ESTs數據，生物信息學研究創(chuàng)建了很多與可變剪接相關的數據庫。最近芯片技術的應用更是發(fā)現有近75﹪的人類基因發(fā)生了可變剪接事件。 斑馬魚是一種比較低等的脊椎動物，基因組與人類的基因組有高于60﹪的同源性?；诎唏R魚的基因組和大量的ESTs，本文構建了斑馬魚的AS數據庫(DRAS)。在12605個有

2、重疊ESTs的基因中我們檢測到4173個基因(33.1﹪)有可變剪接體。這個比例大于果蠅而小于小鼠。這支持了普遍的觀點：AS調控機制在越高等的生物中使用得越頻繁。同時我們也對本實驗室的斑馬魚淋巴細胞感染后文庫中的ESTs數據，做了可變剪接事件的分析。在128個有重疊ESTs的基因中，我們檢測到有22個基因(10.2﹪)有可變剪接事件發(fā)生，顯示了特定細胞類型，可變剪接事件的差異。在DRAS數據庫及斑馬魚淋巴細胞的可變剪接分析中或其他動物如

3、人、小鼠的AS數據庫都可以看到外顯子跳過的事件發(fā)生頻率是最高的。在我們的斑馬魚可變剪接數據庫-DRAS中內含子保留的事件的比例為13.0﹪，淋巴細胞中有2.3﹪的可變剪接事件為內含子保留事件，相對于人和小鼠AS數據庫的低(人和小鼠中內含子保留事件的頻率為17﹪)。我們計算出跳過外顯子長度和保留內含子長度的分布，看到最多的跳過外顯子長度是在80～100bp范圍，最多的保留內含子長度是大約100bp。 在對預測有可變剪接事件發(fā)生的基

4、因的GO(Gene Ontology)的功能分類中，生物過程水平以與mRNA的代謝過程最顯著，分子功能水平以RNA結合功能最顯著。在預測的蛋白跨膜區(qū)中觀察到很多外顯子跳過事件發(fā)生，這種事件對基因產物最終的細胞定位有很大影響。同時預測的蛋白結構域出現在可變剪接區(qū)域頻率最高的是一些調控結構域，這意味著AS事件可能會影響調控通路，增加調控網絡的復雜性。本文比較了整體5'剪接位點的多態(tài)性，發(fā)現在GT位點前兩位的多態(tài)性明顯高于整體水平，該結果支持