文昌魚假定蛋白功能注釋及數(shù)據(jù)庫構(gòu)建.pdf

1、文昌魚是現(xiàn)存的最接近脊椎動物的無脊椎動物，是研究動物進化和胚胎發(fā)育的“活化石”。目前，世界各國科學(xué)家針對文昌魚基因進行了大量的研究，2008年美國佛羅里達文昌魚基因組測序的完成，為文昌魚的研究奠定了堅實的基礎(chǔ)。文昌魚在分子生物學(xué)方面的研究不斷增多，為研究脊椎動物的起源和進化提供越來越多的證據(jù)。但是美國佛羅里達文昌魚數(shù)據(jù)庫中仍有相當(dāng)一部分基因的功能是未知的。針對上述問題，我們對美國佛羅里達文昌魚數(shù)據(jù)庫的11930條“假定蛋白”進行結(jié)構(gòu)和功

2、能注釋，并且構(gòu)建了文昌魚蛋白注釋數(shù)據(jù)庫．AmphioxusAnnoBase。
　　AmphioxusAnnoBase數(shù)據(jù)庫具有以下特點：(1)通過本地化的TASSER系列算法對文昌魚的“假定蛋白"進行了結(jié)構(gòu)預(yù)測，預(yù)測得到4176個三級結(jié)構(gòu)。(2)基于FINDSITE算法，依據(jù)預(yù)測的三級結(jié)構(gòu)對“假定蛋白"進行了功能預(yù)測，共得到2797個有GO注釋的“假定蛋白”；預(yù)測出3439個“假定蛋白"的配體及其相應(yīng)的綁定位點，并且基于EFICA

3、z2算法從蛋白序列出發(fā)，對全部的假定蛋白進行酶功能預(yù)測，推測出206個“假定蛋白”可能是酶，其中的28個結(jié)果可靠性較高。(3)通過與Yeast等模式生物做序列比對，對文昌魚全蛋白組進行了蛋白復(fù)合體預(yù)測。(4)選用Cytoscape Web和GBrowse網(wǎng)絡(luò)工具分別對文昌魚的蛋白復(fù)合體和基因進行可視化展示，具有良好的用戶界面。(5)運用：PHP、MySQL、Apache等技術(shù)構(gòu)建了Linux平臺的文昌魚蛋白注釋數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫收錄了來自

4、于NCBI的青島文昌魚、廈門文昌魚、日本文昌魚和來自于Ensemble數(shù)據(jù)庫的美國佛羅里達文昌魚的蛋白數(shù)據(jù)共計52077條，contigs共計3032條。
　　總之，AmphioxusAnnoBase數(shù)據(jù)庫提供較為詳盡的蛋白功能注釋信息，具有較高的可靠性，便于科研工作者查閱，同時對于指導(dǎo)文昌魚實驗，具有較高的參考價值和實用性，為后續(xù)文昌魚功能基因的研究提供重要的理論意義和實踐價值。
　　AmphioxusAnnoBase數(shù)據(jù)