玉米EST文庫的構建、部分EST功能注釋及其數(shù)據(jù)庫的管理系統(tǒng).pdf

1、以CLONTEECH的pDNR-LIB質粒為載體,構建了干旱和鹽堿共脅迫不同時間段和相應的無脅迫的正常生長條件下的耐早玉米(Zea mays L.)YQ7-96品系的雌雄分化期(12片葉齡)的混合組織(葉、莖和花芽)的EST文庫.該文庫容量>2.0×10<'5>,覆蓋了預計的玉米基因組5萬個基因的4倍以上;隨機檢查843個克隆插入eDNA片斷長度,范圍在0.25-2.0kb.其中0.25-0.5kb的占37.2％,0.5-1.0kb的占

2、54.9%,1.0-2.0kb的占7.7%;隨機對96個克隆進行3′端和5′端測序,結果3′端測序的EST都有Poly(A).再隨機對2976個克隆中的cDNA進行了的5′端進行了測序,共計測序3027條,其中2098條是測序有效(測序中N的比例<5%,外源長度>150bp,且是非線粒體,非rRNA序列)的EST.進一步的組裝分析后得到168個重疊群(Contig),1693條單拷貝EST,共計1861條獨立基因.根據(jù)GenBank的B

3、LASTn分析,1861條獨立基因中的130條(6.98%)屬于新的表達基因的序列,21條可以定位在玉米的不同染色體上.根據(jù)GenBank的BLASTx分析,2098條EST中的1007(48%)條有功能注釋,1091(52%)條無功能注釋.上述結果表明該文庫中的EST信息將會對公共數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)存的玉米EST數(shù)據(jù)庫起到很好的補充作用.以微軟公司的數(shù)據(jù)處理軟件Microsoft Excel 2003為平臺,利用其VBA語言,我們編寫了從大量

4、基因注釋文檔結果中自動并大規(guī)模提取并處理關鍵信息項的宏程序系統(tǒng)一表達基因序列(EST)及其注釋數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)(Management System of Sequences and Notation Database of Expressed Sequence Tags,MSSNDBEST).MSNDBEST具有如下功能:以多種出格式或類型輸出文件、自動地從數(shù)據(jù)庫中二次提取信息項以及批量進行原始的EST序列和原始的Blast結果文檔的鏈接等