白氏文昌魚(yú)COMMD4基因克隆及免疫功能的分析.pdf

1、COMMD蛋白是最近發(fā)現(xiàn)的一類蛋白家族，因其羧基末端具有高度保守的由70-85個(gè)氨基酸構(gòu)成的獨(dú)特的結(jié)構(gòu)域——COMM結(jié)構(gòu)域(copper metabolismgene MURR1 domain)而命名。目前，COMMD蛋白家族有十個(gè)成員，即COMMD1-COMMD10，這十個(gè)成員皆存在COMM結(jié)構(gòu)域，有研究表明，此結(jié)構(gòu)域可以結(jié)合其他因子如Cu12等，并且似乎在抑制NF-κB方面起關(guān)鍵作用。目前，除了COMMD1外，其他COMMD蛋白的特

2、征及其功能了解的都較少。文昌魚(yú)屬于脊索動(dòng)物門(mén)頭索動(dòng)物亞門(mén)，是介于無(wú)脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物的過(guò)渡物種，一直被認(rèn)為是研究脊椎動(dòng)物起源和進(jìn)化的模式生物。隨著弗羅里達(dá)文昌魚(yú)基因組測(cè)序的完成，關(guān)于文昌魚(yú)的免疫研究將成為研究的熱點(diǎn)。
　　本研究中，我們?cè)诎资衔牟~(yú)中克隆得到了具有完整編碼框的白氏文昌魚(yú)COMMD4基因，其全長(zhǎng)1008bp，是由一個(gè)含有603個(gè)核苷酸的開(kāi)放閱讀框（ORF）、一個(gè)11個(gè)核苷酸的5'UTR和一個(gè)含有多聚腺苷酸信號(hào)(AAT

3、AAA)的394個(gè)核苷酸的3' UTR組成，其開(kāi)放閱讀框編碼一個(gè)由200個(gè)氨基酸組成的蛋白質(zhì)，其羧基端含有該家族特有的典型COMM結(jié)構(gòu)域（第130-198位殘基），預(yù)測(cè)其理論相對(duì)分子質(zhì)量為22kDa，其理論等電點(diǎn)(pI)為5.81。白氏文昌魚(yú)COMMD4蛋白與已經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的其他物種COMMD4蛋白的一致性和相似性分別為38.8％-64.0％，55.5％-82.5％。利用白氏文昌魚(yú)COMMD4蛋白的氨基酸序列與其他典型物種的COMMD蛋白

4、的氨基酸序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)分析發(fā)現(xiàn)，白氏文昌魚(yú)COMMD4蛋白與其他物種的COMMD4蛋白聚為一簇，而與其他COMMD蛋白明顯分開(kāi)。而白氏文昌魚(yú)COMMD4蛋白與其他物種COMMD4蛋白的氨基酸序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)分析，結(jié)果表明，白氏文昌魚(yú)COMMD4蛋白處于脊索動(dòng)物的最底部，這與經(jīng)典分類法相一致。文昌魚(yú)COMMD4基因的基因組序列分析表明，在其基因組序列中只有一個(gè)外顯子，這和海鞘的COMMD4基因相同，但與海膽、果蠅和其他脊椎動(dòng)物不同，

5、在海膽和脊椎動(dòng)物中，內(nèi)含子的增加和保留可能在一定程度上與其功能有關(guān)，但并不清楚在海鞘和文昌魚(yú)中的COMMD4基因的6個(gè)內(nèi)含子缺失這一現(xiàn)象的產(chǎn)生，是因?yàn)楹笠七€是因?yàn)橥粗亟M。在八個(gè)物種中的10個(gè)COMMD蛋白家族成員的保守性分析表明，不同物種含有不同的COMMD蛋白家族成員。其中，脊椎動(dòng)物均含有十個(gè)COMMD蛋白家族成員，而文昌魚(yú)缺少COMMD1蛋白，這表明文昌魚(yú)可能存在著COMMD1基因的二次丟失，并且這些基因的缺失可能是由不完整的基因