中國奶山羊線粒體DNA D-loop區(qū)遺傳多樣性與起源進(jìn)化研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、據(jù)考證,歷史上我國沒有專門化的奶山羊品種,現(xiàn)有的優(yōu)良奶山羊品種都是引進(jìn)國外奶山羊品種培育而成。本研究利用線粒體DNA對(duì)4個(gè)培育奶山羊品種(嶗山奶山羊、關(guān)中奶山羊、西農(nóng)薩能奶山羊和的文登奶山羊)、2個(gè)引進(jìn)奶山羊品種(薩能奶山羊和努比亞奶山羊)和3個(gè)地方山羊品種為對(duì)照(萊蕪黑山羊、簡陽大耳羊和樂至黑山羊)共9個(gè)品種進(jìn)行研究,我們測定了155只山羊個(gè)體的線粒體D-loop區(qū)全序列,通過群體遺傳結(jié)構(gòu)、親緣關(guān)系、系統(tǒng)進(jìn)化和群體擴(kuò)張等幾方面對(duì)中國奶

2、山羊進(jìn)行遺傳多樣性和起源研究。主要研究結(jié)果如下:
   1.奶山羊群體線粒體DNA控制區(qū)的核苷酸變異
   奶山羊個(gè)體的mtDNA D-loop區(qū)長度為1212bp-1215bp,4種核苷酸A、G、C、T的含量平均值分別為31.07%、14.17%、25.81%、28.87%,G+C的平均含量為39.99%,A+T含量明顯高于G+C含量。在155條序列中發(fā)現(xiàn)了97個(gè)多態(tài)位點(diǎn),其中單一多態(tài)位點(diǎn)20個(gè),簡約信息位點(diǎn)77個(gè)。9

3、7個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)中,核苷酸變異來源于堿基轉(zhuǎn)換,沒有發(fā)生顛換,表明中國奶山羊具有轉(zhuǎn)換偏倚性。
   2.奶山羊群體的遺傳多樣性
   在97個(gè)多態(tài)位點(diǎn)中共確定了62種單倍型,在共有單倍型中Hap_2出現(xiàn)頻率最高,其次是單倍型Hap_1,其中35個(gè)為各品種的特有單倍型。奶山羊群體的平均核苷酸多樣度為:0.0098±0.0009;平均單倍型多樣度為:0.865±0.010;參考組本地山羊品種平均核苷酸多樣度和單倍型多樣度分別是0

4、.0116±0.0025和0.98±0.052(表3-7),表明中國奶山羊序列多態(tài)性較低。在不同品種間,關(guān)中奶山羊和萊蕪黑山羊單倍型多樣度最高,分別是0.98±0.024和1.00±0.052,文登奶山羊和嶗山奶山羊單倍型多樣度最低,分別為0.752±0.086和0.69±0.085;表明中國培育奶山羊品種多態(tài)性較貧乏。
   3.奶山羊品種間親緣關(guān)系
   利用Kimura2-parameter模型在MEGA4.0中計(jì)

5、算群體的種間遺傳距離,結(jié)果為:國外引進(jìn)品種努比亞奶山羊和其他品種間遺傳距離最都較遠(yuǎn),培育品種文登奶山羊、嶗山奶山羊和本地山羊品種萊蕪黑山羊間遺傳距離較近,本地山羊品種簡陽大耳羊、樂至黑山羊與培育奶山羊品種遺傳距離較遠(yuǎn)。
   4.奶山羊遺傳結(jié)構(gòu)分析
   中介網(wǎng)絡(luò)分布圖顯示同一地區(qū)同一品種的單倍型沒有聚在同一個(gè)群集里,并且許多單倍型同時(shí)被不同品種不同地區(qū)的個(gè)體所共有。品種內(nèi)的方差組分占線粒體DNAD_loop區(qū)全序列總變

6、異的89.34%,且整個(gè)群體的Fst值為0.10655。表明中國奶山羊群體不存在明顯的地理結(jié)構(gòu)分布,并且表現(xiàn)出中度分化。
   5.奶山羊群體起源與進(jìn)化分析
   利用MEGA4.0選擇Kimura雙參數(shù)模型,構(gòu)建了中國奶山羊62個(gè)單倍型和發(fā)表在GenBank上的已經(jīng)確定的(A、B和C)支系的山羊線粒體為參考,構(gòu)建了NJ聚類圖。結(jié)果顯示中國奶山羊存在A和B兩個(gè)支系,表明中國奶山羊有兩個(gè)獨(dú)立的母系起源。
   6.

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