中國部分地方水牛品種mtDNA D-loop區(qū)遺傳多樣性與起源研究.pdf

1、本研究采用單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)方法并結(jié)合測(cè)序技術(shù)對(duì)10個(gè)中國地方水牛品種(貴州青水牛、涪陵水牛、江漢水牛、恩施山地水牛、西林水牛、陜南水牛、海子水牛、溫州水牛、東流水牛、峽江水牛)150頭個(gè)體線粒體DNAD-loop序列基因(約930bp)的多態(tài)性進(jìn)行研究，結(jié)果表明： 我國地方水牛品種在線粒體DNA D-loop區(qū)第一高變區(qū)(HV1)的變異率較高。通過SSCP方法顯示出6種單倍型，據(jù)此確定了110個(gè)測(cè)序個(gè)體。測(cè)序結(jié)果共發(fā)現(xiàn)

2、了50種單倍型，107個(gè)多態(tài)位點(diǎn)(簡(jiǎn)約多態(tài)位點(diǎn)73個(gè)，單一多態(tài)位點(diǎn)34個(gè))，約占核苷酸序列的11.50％，其單倍型多樣度(haplotype diversity，Hd)為0.8952±0.0240，核苷酸多樣度(nucleotide diversity，π)為0.0200±0.0056，平均核苷酸差異(average number of nucleotide difIferences，k)為18.4450，在不同品種之間，差異極顯著，其

3、中江蘇海子水牛的單倍型多樣度、核苷酸多樣度和平均核苷酸差異是最高的，其次為貴州青水牛，溫州水牛和江漢水牛，其他品種則較低。 在這50種單倍型中，43種為各品種特有的單倍型，7種為品種間共享的單倍型。最大的共享單倍型H1包含除江蘇海子水牛之外9個(gè)品種的33個(gè)個(gè)體，單倍型H26、 H41和H43均包含5個(gè)以上個(gè)體，單倍型H2、H6、H22、H24、H27、H34、 H48均包含2個(gè)或2個(gè)以上個(gè)體，其余單倍型均只有一個(gè)個(gè)體。中國地方水

4、牛的單倍型數(shù)目在每個(gè)品種中分布不同，最小為5，最大為9；其單倍型多樣度和核苷酸多樣度分別為0.8332-1.0000和0.0096-0.0327，這些都表明中國水牛具有豐富的遺傳多樣性。 以GenBanK上公布的江河型印度摩拉水牛D-loop序列(AF197215)為外群，用MEGA3.1和Network 4.2.0.1軟件對(duì)中國地方水牛50種mtDNA單倍型進(jìn)行親緣關(guān)系和系統(tǒng)進(jìn)化分析，構(gòu)建的NJ系統(tǒng)樹表明中國水牛都屬于沼澤型水

5、牛，并且包含了2個(gè)母系起源，分別命名為A支系和B支系，以此確定了區(qū)分兩個(gè)支系的基本變異位點(diǎn)。其中A支系包含了所有研究品種中的36個(gè)單倍型的78個(gè)個(gè)體，分別占到了總數(shù)的72％和70.9％，居主導(dǎo)地位。B支系雖然在分布上不如A支系廣泛，但是在單倍型和核苷酸的多樣度上要比A支系豐富。除峽江水牛只有A支系外，其他9個(gè)中國地方水牛品種在A支系利B支系中均有分布，表明了mtDNA的起源與各品種之間的地理分布沒有必然聯(lián)系。 對(duì)所選的10個(gè)品種