應(yīng)用微衛(wèi)星DNA與mtDNA D-Loop的PCR-RFLP技術(shù)檢測(cè)草魚的遺傳多樣性.pdf

1、草魚(Ctenopharyngodon idellus)是我國(guó)著名的“四大家魚”之一。由于自然和人為因素的影響，致使長(zhǎng)江水系“四大家魚”資源日趨衰退(李思發(fā)，2001)。針對(duì)草魚出現(xiàn)的種質(zhì)退化現(xiàn)狀一以及草魚在我國(guó)淡水養(yǎng)殖中的重要地位，本論文運(yùn)用mtDNA DNA D-Loop的PCR-RFLP技術(shù)和微衛(wèi)星DNA技術(shù)，分別對(duì)采自長(zhǎng)江中游干流瑞昌段和湘江支流長(zhǎng)沙段的2個(gè)野生群體及天津?qū)幒尤斯し敝橙后w的草魚共計(jì)144個(gè)個(gè)體進(jìn)行了遺傳多樣性分析

2、。以期比較長(zhǎng)江干流以及湘江草魚的遺傳差異，更好地了解不同群體草魚的遺傳結(jié)構(gòu)，從而為草魚的遺傳資源評(píng)估以及有效地保護(hù)和利用草魚種質(zhì)資源提供理論依據(jù)，促進(jìn)我國(guó)淡水漁業(yè)持續(xù)穩(wěn)定地發(fā)展。 1．使用L15923和H1067引物對(duì)三個(gè)群體的144尾草魚mtDNA的D-Loop區(qū)段進(jìn)行PCR擴(kuò)增，用11種核酸內(nèi)切限制酶對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切。結(jié)果顯示，擴(kuò)增出的142尾實(shí)驗(yàn)魚的mtDNA D-Loop區(qū)段為1.6kbp，長(zhǎng)沙群體中的2尾為1.8kb

3、p，個(gè)體間存在長(zhǎng)度變異現(xiàn)象；6種限制酶具有酶切位點(diǎn)，共檢測(cè)到2種單倍型，其中長(zhǎng)沙群體中有長(zhǎng)度變異的2尾為一種單倍型，另外142尾為另一種單倍型；瑞昌和寧河兩群體內(nèi)的單倍型多樣性指數(shù)、核苷酸多樣性指數(shù)均為0，而長(zhǎng)沙群體內(nèi)單倍型多樣性指數(shù)、核苷酸多樣性指數(shù)分別為0.0816、0.00315；長(zhǎng)沙群體與瑞昌(或?qū)幒?群體間的核苷酸歧化距離以及 Rogers遺傳距離分別為0.0000343和0.6783；X<'2>檢驗(yàn)結(jié)果顯示三個(gè)群體間的遺傳差

4、異不顯著(P>0.05)。由此表明草魚mtDNAD-Loop區(qū)段的遺傳多樣性很低。 2．依據(jù)草魚微衛(wèi)星DNA的測(cè)序結(jié)果，初步設(shè)計(jì)了10組微衛(wèi)星引物，合成了6組，在每組上游引物5’末端標(biāo)記生物素。篩選出3組引物進(jìn)行了三個(gè)群體草魚共計(jì)144個(gè)個(gè)體的微衛(wèi)星DNA傳多樣性分析。共獲得52個(gè)等位基因；草魚的瑞昌、長(zhǎng)沙以及寧河三個(gè)群體的平均單位基因座位等位基因數(shù)分別為8.7、14和12個(gè)；3個(gè)微衛(wèi)星基因座位的多態(tài)信息含量(PIC)為0.29

5、53-0.904，GC-4和GC-6兩個(gè)基因座位的平均PIC值分別為0.794、0.859(PIC>0.5)，兩位點(diǎn)為高度多態(tài)位點(diǎn)，GC-5基因座位的平均PIC值為0.323(0.2

6、反映的草魚群體具有豐富的多態(tài)性的結(jié)果相一致。本研究所檢測(cè)的三個(gè)群體草魚的微衛(wèi)星DNA的遺傳多樣性較為豐富。分子變異AMOVA分析結(jié)果表明，群體間的遺傳變異僅占總遺傳變異的1.44％，98.56％的遺傳變異是由群體內(nèi)提供的，揭示三個(gè)草魚群體絕大部分遺傳變異發(fā)生在群體內(nèi)，而非群體間；固定系數(shù)(F<,ST>)為0.0144，遠(yuǎn)小于0.05，說(shuō)明這三個(gè)草魚群體間只存在輕微分化，也可以認(rèn)為群體間的遺傳分化是非常微弱的。瑞昌與長(zhǎng)沙群體間的Nei遺傳