豬候選基因SLC27A2和IFRD1的分離與鑒定.pdf

1、隨著分子生物學技術的迅速發(fā)展，對基因結構和功能的研究更加深入，在分子水平上以DNA多態(tài)性為標記進行遺傳分析，識別個體基因型差異成為可能，從而誕生了分子遺傳標記。在人類基因組研究計劃的推動下，分子標記的研究與應用得到了迅速的發(fā)展，為豬種遺傳改良提供了新的機遇。同時，豬基因組計劃的實施有力的促進了分子標記在豬育種中的應用，出現(xiàn)了以標記輔助選擇和標記輔助滲入為代表的分子育種技術。分子標記輔助選擇或滲入的基礎是尋找對目標性狀具有較大影響的基因或

2、標記，即主效基因或標記，連鎖分析法、候選基因法和基因組掃描法是鑒定數(shù)量性狀主效基因的三種主要方法。該研究根據(jù)國內(nèi)外QTL報道、豬—人比較圖譜和基因的生理生化功能三方面信息，分別選取了位于人15號和7號染色體上2個基因作為候選基因，二者均為豬新基因，并且運用比較基因組學、生物信息學等方法對其進行分離、鑒定，分析了候選基因的多態(tài)性位點與豬重要經(jīng)濟性狀的相關性及其遺傳效應。具體研究結果如下： 1.豬SLC27A2基因的分離、鑒定

3、 通過對大白、梅山豬肝臟組織樣提取總RNA進行反轉(zhuǎn)錄和特異性擴增，獲得了豬SLC27A2基因的部分cDNA片段，將該段序列與人SLC27A2基因和小鼠的SLC27A2基因進行序列比對，結果表明豬與人、小鼠的同源性分別為90％和82％。在該基因外顯子七上存在1處SNP，引起相應編碼氨基酸的改變A242G，即大白中為纈氨酸，梅山中為異亮氨酸。建立了該突變位點的PCR-AatⅡ-RFLP分型方法。在梅山、大白和大白×梅山F2代資源家系中的研

4、究表明： (1)在45頭梅山、40頭大白個體中，梅山均為AA基因型，A％為1，B％為0；大白以BB基因型為主，伴隨少量的AB型，A％為11.25％，B％為88.75％，可以看出在本研究群體中，等位基因A，B在以梅山和大白為代表的中外豬種中存在明顯差異。 (2)在135頭F2代資源家系的關聯(lián)分析顯示：對生長性狀而言，SLC27A2基因多態(tài)性與初生重相關性極顯著；胴體性狀方面，SLC27A2基因型不同時，瘦肉率、平均皮厚、屠

5、宰率、肥肉率、6-7胸椎間背膘厚、胸腰椎間背膘厚等性狀差異達到顯著或極顯著水平。分析顯示，該標記位點與肉質(zhì)性狀沒有明顯的相關性。 (3)根據(jù)REG(SAS8.0)程序分析，該標記位點以加性遺傳效應為主，瘦肉率、屠宰率、肥肉率、6-7胸椎間背膘厚、胸腰椎間背膘厚加性效應顯著(P＜0.05)；而平均皮厚加性效應極顯著(P＜0.01)。AA基因型與BB基因型相比，有較高的初生重；而BB基因型有較薄的6-7胸椎間背膘厚、胸腰椎間背膘厚，

6、較低的肥肉率，較高的屠宰率、瘦肉率和平均皮厚。 2.豬IFRD1基因的分離、鑒定 利用豬EST數(shù)據(jù)庫的信息，以人IFRD1基因編碼區(qū)序列為信息探針，采用電腦克隆策略并結合來源于肌肉組織的RT-PCR技術，獲得豬IFRD1基因的完整編碼區(qū)序列，其中大白豬種序列已提交到GenBank中，登陸號為AY789133，并推導出相應的氨基酸序列。將所得到的核苷酸序列與人鼠相應序列進行同源性比較，結果表明豬IFRD1基因在核苷酸水平上