豬脂肪沉積候選基因PTP-1B和AQP7的分離和初步研究.pdf

1、本文根據(jù)國內(nèi)外QTL報道、豬-人比較圖譜和基因的生理生化功能三方面信息選取兩個基因PTP-1B和AQP7作為豬脂肪沉積候選基因，利用比較基因組學和生物信息學方法對兩個基因序列進行分離和測序，分析了候選基因的多態(tài)性位點與豬重要經(jīng)濟性狀尤其是脂肪沉積性狀的相關(guān)性及其遺傳效應，以及使用Real-time PCR方法研究了PTP-1B和AQPP7兩個基因在豬不同組織中的表達。獲得的主要結(jié)論如下： 一、豬PTP-1B基因的分離、測序和性狀

2、關(guān)聯(lián)分析。 以人PTP-1B基因序列作為探針，在NCBI的EST數(shù)據(jù)庫中比對得到豬EST)芋列并進行拼接。根據(jù)拼接序列設計引物擴增出了部分5’端非編碼區(qū)序列、全部編碼區(qū)序列和部分3’端非編碼區(qū)序列。通過外顯子設計引物擴增出了6、7、8、9內(nèi)含子序列。內(nèi)含子剪接位點序列符合GT/AG法則。用Clustalw工具比對大白、長白和梅山序列發(fā)現(xiàn)其編碼區(qū)很保守沒有任何突變，在內(nèi)含子中發(fā)現(xiàn)有14處SNPs，在3’端有3處SNPs。取第7內(nèi)含

3、子一導致Eco88I酶切位點進行與脂肪沉積性狀關(guān)聯(lián)性分析，建立了該突變位點的PCR-Ec088I-RFLP分型方法，在梅山、大白和“大白×梅山”F2代資源家系中的研究表明： 1. 在21頭長白、16頭大白和22頭梅山個體中，大白和長白只有單一的G等位基因，而中國本地豬種梅山以雜合子GA基因型為主，因此西方豬種和中國本地豬種此位點有一定差異。 2. 本研究213頭“大白×梅山”F2代資源家系用于性狀關(guān)聯(lián)分析。在此位點，AA

4、、AG和GG基因型數(shù)目分別為133、69和11個。PTP-1B基因多態(tài)性與板油重、內(nèi)脂率呈極顯著相關(guān)(P<0.01)，與胸腰椎間背膘厚呈顯著相關(guān)(P<0.05)。且雜合子AG基因型個體的板油重和內(nèi)酯率都呈最低，胸腰椎間背膘厚GG基因型最低。 二、豬AQP7基因的分離、測序和性狀關(guān)聯(lián)分析。 以人AQP7基因序列作為探針，在NCBI的：EST數(shù)據(jù)庫中得到一段豬cDNA文庫中的序列，根據(jù)此序列設計引物擴增出豬AQP7基因部分c

5、DNA序列，并以此cDNA序列設計引物擴增出豬AQP7基因1、4、5、6內(nèi)含子，在內(nèi)含子1中發(fā)現(xiàn)有4處SNPs，內(nèi)含子4中發(fā)現(xiàn)2個SNPs，其一位點導致PstI酶切。以第4內(nèi)含子(A-G)多態(tài)位點建立該位點的PCR-estI-RFLP分型方法，在梅山、大白和“大白×梅山”F2代資源家系中的研究表明： 1. 在24頭梅山、21頭大白和18頭長白個體中，大白和長白以GG基因型為主，伴隨少量的AG型，其中大白G％97.60％，A％為2

6、.40％，長白G％為91.65％，A％為8.35％，而梅山G％33.35％，A％為66.65％，由此可以看出在本研究群體中，等位基因A， B在以梅山和大白、長白為代表的中外豬種中存在明顯差異。 2．用234頭“大白×梅山”F2代資源家系進行性狀關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明該位點與豬板油重、內(nèi)脂率、背膘厚、肥肉率和瘦肥比率等脂肪沉積性狀顯著相關(guān)，且GG基因型個體脂肪沉積性狀值比AA基因型個體低，提高G等位基因頻率可顯著減少脂肪沉積。根據(jù)RE

7、G(SAS8.0)程序分析，該位點以加性遺傳效應為主，花油重、6-7腰椎間背膘厚、肥肉率加性效應極顯著(P<0.01)。 三、Real-time PCR。 利用Real-time PCR技術(shù)分析了PTP-1B和AQP7基因在4月齡大白豬的心臟、肝臟、脾臟、肺、腎臟、胃、小腸、卵巢、脂肪幾種組織中的表達情況。分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)：PTP-1B基因在所檢測的8種組織中廣泛表達，在肺中表達量最高，其次是小腸和脂肪，表達量最低的是心臟和