豬TXNIP、CKM和ACTC基因的初步研究.pdf

1、本實(shí)驗(yàn)是在本室以同日齡大白豬和長(zhǎng)大豬的背最長(zhǎng)肌為實(shí)驗(yàn)材料，采用抑制消減雜交技術(shù)，構(gòu)建了豬雜種一代與親本肌肉組織間正反向消減cDNA文庫(kù)，并對(duì)文庫(kù)進(jìn)行了篩選和鑒定，獲得了一部分差異表達(dá)基因的基礎(chǔ)上，為了進(jìn)一步的了解和明確這些差異基因的功能和作用，對(duì)從cDNA文庫(kù)中獲得的TXNIP和CKM兩個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行了多態(tài)性位點(diǎn)與豬重要經(jīng)濟(jì)性狀的相關(guān)性及其遺傳效應(yīng)分析，以及對(duì)CKM和ACTC兩個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)進(jìn)行研究。獲得的主要結(jié)果如下：

2、1．選擇梅山豬、大白豬、長(zhǎng)白豬3個(gè)不同品種豬，通過(guò)網(wǎng)上TXNIPcDNA序列克隆測(cè)序了整個(gè)基因組的內(nèi)含子序列，序列比較分析發(fā)現(xiàn)在所有內(nèi)含子中共發(fā)現(xiàn)8個(gè)SNPs。沒(méi)有發(fā)現(xiàn)這些內(nèi)含子中有大片段的缺失或插入，內(nèi)含子剪接位點(diǎn)序列符合GT／AG法則。 2．發(fā)現(xiàn)TXNIP基因Intron4（T126C）位點(diǎn)PCR-RFLP多態(tài)性，建立了該變異位點(diǎn)的PCR-Mae I-RFLP分型方法。在梅山、大白、長(zhǎng)白和大白×梅山F2代資源家系中的研究表明

3、： （1）在40頭梅山、33頭大白和16頭長(zhǎng)白個(gè)體中，大白和梅山都幾乎均為BB基因型，B等位基因頻率為98％以上；長(zhǎng)白以從基因型為主，A等位基因頻率為97％，可以看出在本研究群體中，等位基因A，B在梅山和長(zhǎng)白的豬種中存在明顯差異。 （2）在181頭（大白×梅山）F2代資源家系的關(guān)聯(lián)分析顯示：胴體性狀方面，TXNIP基因型不同時(shí)，屠宰率和胸腰椎間背膘厚性狀差異達(dá)到顯著水平。分析顯示，該標(biāo)記位點(diǎn)與肉質(zhì)性狀沒(méi)有明顯的相關(guān)性。

4、 （3）根據(jù)PEG（SAS8.0）程序分析，該位點(diǎn)以加性遺傳效應(yīng)為主，直長(zhǎng)和斜長(zhǎng)加性效應(yīng)顯著；而胸腰椎間膘厚和眼肌面積加性效應(yīng)極顯著。攜帶AA基因型個(gè)體與BB基因型個(gè)體相比，有較高的屠宰率，有較薄的胸腰椎間背膘厚。 3．設(shè)計(jì)特異擴(kuò)增引物，克隆測(cè)序了的大白、長(zhǎng)白和梅山豬CKM因內(nèi)含子5、6、7和啟動(dòng)子區(qū)新序列，其中在內(nèi)含子5中存在2個(gè)SNPs，內(nèi)含子6中存在4個(gè)SNPs，內(nèi)含子7中存在2個(gè)SNPs，在啟動(dòng)子區(qū)中存在9個(gè)SNP

5、s，其中有5個(gè)SNPs表現(xiàn)了中外豬種間差異。內(nèi)含子剪接位點(diǎn)序列符合GT/AG法則。豬CKM基因內(nèi)含子5、6、7和啟動(dòng)子區(qū)的長(zhǎng)度分別是770bp、1200bp、1210bp和1500bp。 4．采用PCR-RFLP方法，研究了大白豬、長(zhǎng)白豬、梅山豬和“大白×梅山”F2群體共172個(gè)個(gè)體啟動(dòng)子區(qū)的CKM-FnuDⅡ位點(diǎn)的多態(tài)性。大白豬和長(zhǎng)白豬幾乎為單一的BB基因型；梅山豬大多數(shù)表現(xiàn)為從基因型和少量的AB基因型，對(duì)“大白×梅山”F2群

6、體不同基因型對(duì)應(yīng)的性狀值進(jìn)行協(xié)方差統(tǒng)計(jì)分析，發(fā)現(xiàn)AB基因型和BB基因型眼肌高和肩部背膘厚存在顯著差異。不同基因型的其它性狀沒(méi)有顯著差異。 5．應(yīng)用RT-PCR的方法，克隆了梅山豬、大白豬和長(zhǎng)白豬ACTC基因整個(gè)編碼序列的cDNA片段，并推導(dǎo)出相應(yīng)的氨基酸序列，將所得到的核苷酸序列與人鼠相應(yīng)序列進(jìn)行同源性比較，結(jié)果表明豬ACTC基因在核苷酸水平上與人、小鼠的同源性分別為92％和90％，并獲得了豬ACTC基因第3—6內(nèi)含子和啟動(dòng)子區(qū)

7、序列。不同豬種的序列分析表明，該基因外顯子區(qū)域共存在6個(gè)SNPs，其中一處缺失突變，均為錯(cuò)義突變；內(nèi)含子區(qū)域共存在10處SNPs；啟動(dòng)子區(qū)存在1處SNPs。 6．對(duì)豬CKM和ACTC基因的啟動(dòng)子區(qū)進(jìn)行了相關(guān)預(yù)測(cè)，在CKM基因啟動(dòng)子區(qū)中預(yù)測(cè)到2處啟動(dòng)子，一條位于548-598位核苷酸，其轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)為C，另一條位于1369-1419位核苷酸，其轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)為C；在ACTC基因啟動(dòng)子區(qū)中預(yù)測(cè)到一處啟動(dòng)子，位于447-496位核苷酸，