三疣梭子蟹線粒體DNA多態(tài)性研究.pdf

1、本實(shí)驗(yàn)通過(guò)對(duì)分布在中國(guó)海沿岸的三疣梭子蟹種群(樣品分別來(lái)自丹東、營(yíng)口、萊州、青島、連云港、寧波、北海)七個(gè)野生種群線粒體DNA 16S rRNA Cytb和D-Loop片段的測(cè)序來(lái)研究中國(guó)沿海各大海區(qū)三疣梭子蟹的遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳變異，以期為三疣梭子蟹遺傳資源的保護(hù)提供一定的理論依據(jù)。 高鹽法提取基因組DNA，使用引物設(shè)計(jì)軟件Premier Primer5.0設(shè)計(jì)并篩選兩對(duì)引物分別擴(kuò)增mtDNA Cytb基因和D-Loop序列，16

2、SrRNA引物為通用引物，并進(jìn)行序列測(cè)定。將測(cè)序結(jié)果用Clustal X 1.83軟件排序，用MEGA3.1(Kumar et al.1994)軟件包中的 Kuimura2-Parameter Distance模型計(jì)算進(jìn)化距離，用Neighbor-Jioning法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，1000次隨機(jī)抽樣，計(jì)算自引導(dǎo)值(Bootstrap)以評(píng)估系統(tǒng)發(fā)育樹的置信度。利用DnaSP(Version 3.53)計(jì)算單倍型多樣性(h)(Nei&Taj

3、ima，1981)和核酸多樣性(π)(Nei，1987)，評(píng)價(jià)種群遺傳多樣性水平。為反映遺傳分化在種群之間以及種群內(nèi)的分布情況，進(jìn)行分子變異分析(AMOVA)(Excoffier et al.1992)。以上的種群遺傳分析均利用ARLEQUIN 2.0(Schneider et al.2000)。 1.獲得長(zhǎng)為514bp的16S rRNA基因片段，種群間及種群內(nèi)個(gè)體間都沒(méi)有差異。將獲得的16Sr RNA片段與GeneBank上4

4、2個(gè)近緣物種進(jìn)行序列比對(duì)，采用NJ法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，結(jié)果與傳統(tǒng)分類基本一致。 2.獲得長(zhǎng)為644bp的Cytb基因片段，僅存在兩個(gè)替換位點(diǎn)。 3.通過(guò)對(duì)48個(gè)三疣梭子蟹個(gè)體的線粒體DNA D-Loop(617bp)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)80個(gè)變異位點(diǎn)，其中轉(zhuǎn)換/顛換21個(gè)，插入/缺失位點(diǎn)6個(gè)。各地方種群之間的遺傳距離范圍是0.030-0.014。七個(gè)地方種群平均遺傳距離為0.021。各地方種群間的遺傳差異很小，它們之間的

5、差異上升不到亞種的水平，尚屬于地理種群之間的差異。萊州種群內(nèi)部遺傳距離最小，遺傳距離最大出現(xiàn)在連云港種群，其次是寧波種群，接著是青島種群。這與各地方種群所處位置有關(guān)。 4.分子變異分析(AMOVA)表明，各地方種群間產(chǎn)生了一定程度的遺傳分化。AMOVA分析顯示各地方種群間的變異組分為17.77％，而82.23％的變異組分存在于地方種群內(nèi)。 5.48個(gè)三疣梭子蟹個(gè)體D-Loop區(qū)80個(gè)變異位點(diǎn)共分38個(gè)單倍型，存在9個(gè)單倍