氧化葡萄糖酸桿菌基因組尺度代謝網(wǎng)絡構建.pdf

1、基因組尺度代謝網(wǎng)絡的的構建和分析對于研究生物體的系統(tǒng)代謝行為和指導代謝工程優(yōu)化菌種都具有很重要的意義。
　　氧化葡萄糖酸桿菌是一種得到廣泛應用的工業(yè)生產(chǎn)菌株，其特點在于能快速糖類、醇類不完全氧化成相應的糖酸、醛、酮和酸等。能夠用于生產(chǎn)二羥基丙酮、維生素C、米格列醇等多種產(chǎn)品。然而對氧化葡萄糖酸桿菌菌體的代謝還缺乏系統(tǒng)性的認識，阻礙了對它的進一步應用。所以構建氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡無論在理論研究還是實際應用上都有很重大

2、的意義。
　　按照基因組尺度代謝網(wǎng)絡的常用構建方法，本文構建了氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡iXW433，包括985個代謝物、859個代謝反應、433個ORFs和408個酶，全部代謝反應可以分類于5個代謝子系統(tǒng)共84條代謝途徑。該模型在模擬低濃度甘油下的生長速率結果與相關實驗值吻合度良好，模型具有良好的可信度。
　　利用Pajek繪制iXW433的拓撲結構圖，該網(wǎng)絡結構圖包括896個節(jié)點和1223條連接線。通過連接度分