氧化葡萄糖酸桿菌基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建.pdf

1、基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)的的構(gòu)建和分析對(duì)于研究生物體的系統(tǒng)代謝行為和指導(dǎo)代謝工程優(yōu)化菌種都具有很重要的意義。
　　氧化葡萄糖酸桿菌是一種得到廣泛應(yīng)用的工業(yè)生產(chǎn)菌株，其特點(diǎn)在于能快速糖類、醇類不完全氧化成相應(yīng)的糖酸、醛、酮和酸等。能夠用于生產(chǎn)二羥基丙酮、維生素C、米格列醇等多種產(chǎn)品。然而對(duì)氧化葡萄糖酸桿菌菌體的代謝還缺乏系統(tǒng)性的認(rèn)識(shí)，阻礙了對(duì)它的進(jìn)一步應(yīng)用。所以構(gòu)建氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)無論在理論研究還是實(shí)際應(yīng)用上都有很重大

2、的意義。
　　按照基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)的常用構(gòu)建方法，本文構(gòu)建了氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)iXW433，包括985個(gè)代謝物、859個(gè)代謝反應(yīng)、433個(gè)ORFs和408個(gè)酶，全部代謝反應(yīng)可以分類于5個(gè)代謝子系統(tǒng)共84條代謝途徑。該模型在模擬低濃度甘油下的生長速率結(jié)果與相關(guān)實(shí)驗(yàn)值吻合度良好，模型具有良好的可信度。
　　利用Pajek繪制iXW433的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)圖，該網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖包括896個(gè)節(jié)點(diǎn)和1223條連接線。通過連接度分